雨が降らなくて困っているグリーンウッドの人たちのために、「そらとぶふね」を作って、空から雨を降らせる手伝いをすることになったしまじろうたち。船づくりを邪魔するガービーズたちやさまざまなトラブルに苦戦しながらも、しまじろうたちは力を合わせて頑張ります。はたして、無事、船を完成させて雨を降らせることはできるのでしょうか?