しまじろうはある日「ミラクルじま」から来た、不思議な力をもつ男の子、ミラーと出会います。ミラーは「大切な人にあげると願いが叶う」というなないろカーネーションを持っていましたが、島中のなないろカーネーションを独り占めにしようとしている、大魔法使いに奪われてしまいました。果たして、しまじろうたちはミラーと一緒に大魔法使いからなないろカーネーションを取り戻すことができるのでしょうか…?