壮大なる〈起源〉から、想像を絶する〈新世紀〉へ。猿と人類の存亡を懸けた決断。共存か、それとも決戦か。すべてはここから始まった……。新進気鋭の科学者ウィルが新薬開発の実験用に飼っていた猿が研究所内で暴れて射殺された。ウィルはその赤ん坊を自宅に持ち帰りシーザーと名づけて密かに育てる。母猿の特殊な遺伝子を受け継いだシーザーはすくすくと成長するが、ある事件がきっかけで霊長類保護施設に入れられてしまう。これを境として、シーザーは人間の愚かさに失望することとなり、それは地球上の生物の進化の概念を覆す「壮大な闘い」の序章へとつながっていく・・・。所々にちりばめられたオリジナル『猿の惑星』（1968）とのオマージュも見所。なぜ人類の文明は滅び、猿が支配者となったのか！？その真相に迫る。