猿と人類が全面戦争に突入して2年。猿の群れを率いるシーザーは、軍隊を統率する冷酷非情な大佐の奇襲によって妻子を殺されてしまう。大佐への憎悪に駆られたシーザーは、多くの仲間を新たな隠れ場所へと向かわせ、自身はわずかな仲間と共に復讐の旅に出る。その道中で口のきけない人間の少女と出会い、ノバと名付けた一行は、さらに人間の物資を盗んで生きている奇妙なチンパンジーのバッド･エイプと遭遇し、大佐の居場所を知る彼に道案内をさせる。やがて大佐のアジトである巨大な要塞にたどり着いたシーザーたちだったが、冷静さを失っていたために大佐に捕獲されてしまう……。