自らの身体に“小宇宙”という力が宿っていることを知らない若者、星矢。地下格闘技でその日暮らしをしながら生き別れた姉を探していた彼は、ある日闘いの最中にその“小宇宙”を発したことで謎の集団から狙われることに。彼らは強い“小宇宙”の持ち主と、シエナと言う女性の命を狙っていた。ペガサスの星のもとに生まれた星矢の使命は“知恵”と“戦い”の女神アテナの生まれ変わりであるシエナを守り、世界を救うこと。自らの秘めた力に気づいた時、彼はこの世界を救う“聖闘士”となる。