宇宙船レベレーターに乗り込み、資源回収を行うウェイクたち。戦闘宙域にやって来た彼らは、とある不審船から異質なエネルギーを放つ謎の物体を発見し、危険に犯されながらも回収に成功する。しかしウェイクの元仲間で、今や宿敵と化したジェケルの船によって、その事実を察知されてしまう。ジェケルは長年、珍しいエネルギーを放出し、エイリアンが築いた宇宙の英知の結晶とされている物体“カオス・ジェネレーター”を探し求めていた。ウェイクに先を越されたジェケルは、力ずくでカオス・ジェネレーターを奪おうと攻撃を開始するのだが…。