レナードが調査旅行で不在のため、寂しさをもてあますペニーは、レナードに電話をするが、彼はペニーの気持ちをよそに船内パーティーで騒いでいた。その態度に憤慨したペニーは気分を変えようとして、何故か昔「恐怖の変態ゴリラ」という映画でトップレスになったことをシェルドンに打ち明けてしまう。
シーズン5の衝撃のラストから20カ月、相次ぐ自爆テロを食い止めるため、そしてテロの首謀者を突き止めるため、ジャックは捜査を進める。
核爆弾による攻撃は想定外のものだった。残りの核爆弾の確保が必須となるが、テロの首謀者であるグレデンコとファイエドは次の攻撃への準備を着々と進めていた。一方、ホワイトハウスではパーマー大統領が意識を取り戻し、悪化する状況に対処しようとしていた。
米国土で核爆弾が爆発した。残る核爆弾はあと4つ。その捜査線上に浮上したのは、何とジャックの弟グラハムの名前だった。
テロリストを追い続けるジャックは核兵器の起動を阻止しようとするが、カーティスが思わぬ行動に出て…。一方、貸倉庫に踏み込んだチームに予想外の事態が起こる。