ジェイ・アリ

元MI6工作員が死体で発見されると、テナント (ヴァネッサ･ラシェイ) の過去の秘密が明るみに出る。彼女は犯人を捜すため、思い切った行動をとらざるを得ない。

リチャードの発案でレジデントの配置がシャッフルされる。ジョーはメレディスの助手になるが、ろくに指導してもらえない上に名前を間違って呼ばれ続けてうんざりする。アメリアの助手になったペニーは自動車事故で頭蓋内出血のあった男性を担当するが、モニターだけ見ていろと言い渡される。ベンはアリゾナのもとで四つ子を身ごもった税理士の女性を担当。しかし、まだ23週にも関わらず赤ん坊のうちひとりが生まれそうで…。

リゾーリとアイルズはレズビアン･バーで起きた殺人事件を調査する。女性の体には残虐な暴力の跡があり、二人は事件を憎悪犯罪と見なしていたが、捜査を進めるうちにそれが単純な事件ではないことが判明する。そして、リゾーリは犯人をおびき寄せるために、レズビアンの客としてバーに潜入する。そんな中、アイルズはハンサムなヨガインストラクターとリゾーリをカップルにしようと躍起になる。

海兵隊員の家で泥棒の死体が発見される。死体にはデライラと国防総省が追っていたテロ組織のロゴも残されていた。

緊急手術が必要な青年が胸に弾丸を残して、行方不明になり、イーサン (ジェイ･アリ) は、手遅れになる前にマグナムとヒギンズに彼を見つけるように依頼する。また、TCは軍のリクルートでスピーチをするが、間違った理由で入隊しようとしている青年に出会う。

マグナムとヒギンズは、島で見かけた行方不明の兄を探してほしいというクライアントに雇われる。二人が調査していくと裏に復讐の為の事件が隠されている事に気づくが、ヒギンズが撃たれ、TCが誘拐されてしまう。また、シーズン3の初回では、ヒギンズの担当外科医がヒギンズをデートに誘い、ヒギンズ (そしてマグナムも!) は驚き困惑する。