電車の中で盗撮騒動が起こり、平助 (錦戸亮) の学校の生徒･成田 (船崎良) が疑われた。平助は濡れ衣を晴らそうと、被害を受けたという生徒のいる女子校を訪れるが…。

合併に向け、実験的に東高と三女の混合クラスがスタートした。だが、三女で混合クラスを担任することになった平助 (錦戸亮) は、女子生徒に完全にナメられてしまう。

りさ (満島ひかり) と合同文化祭の打ち合わせをしていた平助 (錦戸亮) は、かつての親友で恋敵だったサトシ (永山絢斗) と再会。そこで礼拝堂全焼事件の意外な話を聞く。

スナックでサトシ (永山絢斗) を見つけ、りさ (満島ひかり) の父･善人 (平田満) は大暴れ。消防団の団長をしていた善人は、火事の後に蜂矢家がどうなったかを語り始める。

古井 (矢本悠馬) の事件がきっかけで、生徒たちが自主的に「箱根まで駅伝」に参加したいと言い出し感動する平助 (錦戸亮)。東高と三女の首脳陣も合併に向け、動き始める。

東高と三女の合併統合を記念し、男女混合チームでのレースとなった「箱根まで駅伝」。学校名も「聖駿高校」となり、第1走者の中井 (黒島結菜) が快調な走りを見せるが…。