鬱蒼とした森を抜け、怪しげなバスに乗り、山奥にぽつんと佇む虹ノ村診療所にやってきた、1人の医師･紅野真空 (高畑充希)。東京の大病院の救命救急の現場からやってきた彼女には“ある秘密”があった―。降り立った村のバス停で迎えを待っていると、まるで座敷童のような少女が真空に手招きをしていた。導かれるように、村唯一の食堂「にじいろ商店」の中へ入ると、そこにはまるで妖怪のように個性豊かな虹ノ村の村人たちが大集合していて…? やがて案内された診療所で、「本業は農家だ」と豪語するツナギにグラサン姿のヘンテコ外科医･浅黄朔 (井浦新) と、超絶優秀ながらすぐキレる若き前髪ぱっつん看護師の蒼山太陽 (北村匠海) と、真空は一つ屋根の下で暮らすことになるのだが…?

「わたし、嘘をついていました―。」ついに秘密を告白した内科医･真空 (高畑充希) だが、“医者で患者、最強じゃん?”という温かい言葉と共に、改めて、虹ノ村診療所での日々がスタートする。翌朝、虹ノ村診療所には衝撃の大行列がズラリ!? 待望の内科医の登場に、お年寄りたちは大はしゃぎ。孫についての悩みや、畑で獲れた冬瓜のプレゼントなど、診察に関係ないことまで、熱心にじっくり向き合い、寄り添う真空。往診先で出会った一人暮らしのおばあちゃん、佐和子 (水野久美) からも、スマホを買ったが話す相手がいないと相談され「いつでも話し相手になる」と申し出てしまい、さっそくかかってきた電話にも丁寧に対応する始末。

「私は誰なんでしょうか――?」ある日突然、虹ノ村診療所に、いつもと様子が違う雪乃 (安達祐実) が駆け込んでくる。真空 (高畑充希) のことも、自分自身のことも、“なにもわからない”という雪乃に、衝撃を受ける真空。朔 (井浦新) から、雪乃は3年前から“認知症”を抱え、何度もこんな日々を繰り返しながら生きていると告げられ、動揺を隠しきれない真空。雪乃を探して診療所に駆け込んできた、夫の晴信 (眞島秀和) のことも、雪乃は誰だかわからない。“治らない病”に対してどう向き合えばよいのか、立ち尽くす真空だが、なぜか朔と太陽 (北村匠海) は落ち着いた様子で…?

朝から畑に佇み、空を見上げる朔 (井浦新)。いつもと違うその様子が少し気になる真空 (高畑充希)。一方、太陽 (北村匠海) は朝から“お尻”にある大問題を抱えていた。誰にも相談できず、悶絶しながら悩んでいたところ、次々に霧ケ谷 (光石研) と氷月 (西田尚美) や嵐 (水野美紀) ら村人たちが押し寄せ、虹ノ村診療所は大騒ぎ。そんな中、一本の電話が鳴る。隣村のキャンプ場で土砂崩れが発生――。多くのけが人が出ている中で治療の優先順位を決めるトリアージをしてほしいとの要請が。急いで現場に向かうことになった真空、太陽、朔だが、その様子を見て霧ケ谷は朔に「大丈夫…?」と声をかける。笑顔で応える朔だが、心配そうな霧ケ谷の様子に、何か知っているようだと悟る真空だが…。

虹ノ村に超人気バラエティ番組「ぽつんと診療所」がやってくる…! テレビ取材に張り切る村人たちだが、真空 (高畑充希) は病のことや、この村にいることをまだ母親に伝えられていないとこぼす。そんな中、テレビクルーのカメラマンが足から血を流していることに、太陽 (北村匠海) は気づき…? 一方、佐和子 (水野久美) の家で朔 (井浦新) の涙を見て以来、なにか辛い過去があるのだろう…と察しつつも、本人が言うまでなにも聞かないと決めた真空と太陽。そんなある日、真空は、畑で作業をする朔を窓からじっと眺めながら何やら考える太陽を見かける。どこか寂しげな表情で「ちょっとうらやましいなぁ」と呟く太陽に、その意味を測りかねる真空で…。

ひとり、部屋でカレンダーを眺める真空 (高畑充希)、もうすぐ母親の誕生日だ。いい加減、自分の病のこと、そして虹ノ村で暮らしていることを伝えなければ…と思うが、何度もメールを打っては消し、打っては消しを繰り返してしまう。そんなある日、雪乃 (安達祐実) の記憶を確認する定期診察の日がやってくる。自分の年齢、簡単な引き算、野菜の名前などの記憶テストを行うも難なく答える雪乃だったが、ふと「こんな簡単な質問が、答えられなくなる日がくるのかな…」と不安な表情を見せる。