五島健助（吉岡秀隆）は、将来を嘱望された優秀な医師として東京の病院に勤務していた。だが、ある事をきっかけに健助は医師のいない孤島への赴任を志願。南の島の村にやってきた。だが、医者の招聘に積極的な役場の民生課課長・星野正一（小林薫）以外の村人たちは、やってきてはすぐ去って行く医者たちのことは全く信用しておらず、健助もまた単なる、「変わり者」としか見てもらえずにいた。それでも健助は、診療所で星野の娘で看護師の彩佳（柴咲コウ）とともに患者がやって来るのを待った。 そんなある日のこと、漁師の原（時任三郎）の一人息子・剛洋（富岡涼）が急性虫垂炎になった。健助は、至急手術が必要と判断するが、原は村の医者は信用できない！と本土の医者に診せるため剛洋を漁船に乗せるとさっさと出港してしまう。本土までの6時間、剛洋は持ちこたえられないと思った健助は、彩佳と共に漁船に飛び乗った。

五島健助（吉岡秀隆）がこの島に医者としてやってきて数週間が過ぎた。剛洋（富岡涼）を船上で執刀したことは、新しい医者は変わり者と噂される原因となってしまったが、剛洋だけは唯一健助を信頼してくれるようになっていた。診療所で看護士をする彩佳（柴咲コウ）は、そんな健助をコトー先生と呼び、村人たちのことなどを話してくれた。そんな中、コトーが気になったのは、内つる子（千石規子）という長老のこと。実は、コトーはつる子の目頭にあるおできのような盛り上がりに気が付いていた。 そして数日後、コトーの不安は的中。つる子は吐血して息子の誠（國村隼）によって診療所に運びこまれたのだ。診察の結果、腹部の血管がコブ状に膨らみ、放っておけば血管はたまった血液により破裂。命も落としかねない切迫した症状だという。だが、つる子は本土への転院も手術もしない！とつっぱねる。そこでコトーはついに、自らが執刀することを決意するが．．．。

剛洋（富岡涼）、そしてつる子（千石規子）を続けて救ったことで、島の人のコトー（吉岡秀隆）に対する見方も少しずつ変わり始め診療所にも人がやってくるようになった。 そんな中、彩佳（柴咲コウ）と共に訪れた坂野家で、嫁で妊娠中のゆかり（桜井幸子）と出会ったコトーはゆかりの足に浮腫を確認し、ぜひとも一度診療所にくることを勧める。しかし、風邪で伏せっている義母を気遣うゆかりは診療所へ行く前にと実家を訪れ、台所で倒れてしまった。 急遽、坂野の実家へ向かったコトーは、妊娠中毒症による子癇発作と診断。だが、なにぶん初めてのことで迷いもあり、東京の原沢咲（石田ゆり子）へと電話を入れた。咲からのアドバイスは、手遅れになれば母体は危険、すぐに手術を、というものだった。しかし島には早産に対応できる設備がない。本土への搬送の手配と受け入れ先の確保のためコトーは電話をかけまくるのだが、ゆかりの症状はさらに悪化の一途をたどる。母体を助けるためには子供を諦めなければならないという苦渋の選択を坂野家の人々はもちろん、コトーも迫られることになる。迷いに迷った末、コトーは、ゆかりを救う道を選び、手術を行おうとするが・・・。

ある日、診療所に芦田ゆき（木村佳乃）という女性が訪ねてきた。咲（石田ゆり子）の後輩だというその女性は、東京でコトー（吉岡秀隆）の診療所のことを知ってわざわざやってきたのだという。突然の女性の訪問者に心穏やかでない彩佳（柴咲コウ）。 ほぼ同じ頃、島には代議士・芦田（竜雷太）がやってきた。秘書の純一（井澤健）は島の出身である。星野（小林薫）、安藤（泉谷しげる）らも駆け付け島をあげての大歓迎が行われた。その後純一は、芦田を母の広子（白川和子）の元に連れていったが、先を急ぐ芦田は挨拶もそこそこに車を出せと純一に命じる。仕方なく車をバックさせようとした純一だったが、バックミラーに広子の姿が現れ、それを避けようと家の前に立てかけてあった材木に接触。広子は倒れてきた材木を避けきれず転倒し足を負傷してしまう。純一はすぐに広子のもとに駆け寄るが、何でもないと言う言葉を聞いて、また芦田にも促されその場を去らざるを得なかった。 その日芦田は島にゴミ処理場を建設する計画を島の人々に打ち明けるが猛反発を受けてしまう。母の様子が気になる純一だったが、ゴミ処理場の件を島の人々に納得させるべく、翌日の講演会の原稿の全面書き直しを命じられ、なかなか広子のもとに行くことができない。 そして翌朝、ようやく駆け付けた実家で純一は足が丸太のように腫れあがって苦しむ広子を発見。コトーの診療所へと運びこむのだが・・・。

芦田（竜雷太）がゴミ処理場構想の演説中倒れ、コトー（吉岡秀隆）のもとに運び込まれた。芦田はそこに娘のゆき（木村佳乃）がいることに驚く。だが、入院一週間と告げられた芦田の心境は穏やかではなく、周囲の心配をよそに気に掛かるのは仕事のことばかり。 そんな中、芦田の秘書・純一（井澤健）の母・広子（白川和子）が病室から姿を消した。広子は、芦田の病状を案じ、不自由な足にもかかわらず神社にお参りに行ったのだ。何とかコトーと純一に発見された広子は、足の切断という最悪の事態を免れ、手に入れたお札はゆきを通して芦田本人へと渡される。だが、まだ自分の状況を受け入れられない芦田は、そんな彼女の好意も素直に受け入れることができない。 そして、芦田親子に振り回されることに苛立つ彩佳（柴咲コウ）は、茉莉子（大塚寧々）の店へと出かけた。だがこの時、茉利子も離れて暮らす息子が行方不明になったとの知らせに心を痛めていたのだった。

往診の途中、コトー（吉岡秀隆）と彩佳（柴咲コウ）は、つる子（千石規子）から見かけない少年を紹介された。少年は竜一（神木隆之介）といい、東京で暮らしているはずの茉莉子（大塚寧々）の息子だった。息子が東京の家を出たとの連絡を受けていた茉莉子は、竜一に会うと、すぐに東京に戻るように伝える。久しぶりに会ったせいかぎくしゃくする二人を見かねた原（時任三郎）は、自宅での夕食に二人を誘い、茉莉子と竜一が話す場を持たせようとする。しかしその直後、竜一が行方不明になってしまった。一緒に遊ぶよう言われていた剛洋（富岡涼）は、責任を感じ、コトーと一緒に島中を探しまわる。その時竜一は、あやまってがけから落ちて怪我をしてしまっていた。