うそがつけないあまり無意識に他人を傷つけてしまう甘粕ひそねは、人間関係に悩んで任期制隊員として航空自衛隊に入隊。ある日、「第8格納庫」に行くよう言われ、プールから出現したドラゴンに飲み込まれてしまう。

航空祭に向けて予行演習に余念のない岐阜基地。そんななか、ひそねの不慣れなフライトが編隊を乱して不安を与えていた。一連の会話の中で、ひそねは3年前までのDパイ前任者だった森山の存在を耳にしてしまうが…。

築城、三沢、入間と、ほかの3基地に所属するDパイたちが岐阜基地に集結し、模擬戦を含めた合同訓練が行われることになった。築城所属の星野絵瑠は到着早々、互いを知ることを目的とした夜間訓練を提案する。

日本海沖無人島における訓練は5日目を迎えるが、各基地から集まった4人の関係はまだ親密には至っていない。特にパイロットとしてプライドの高い絵瑠はドラゴンのF-2に接する態度が厳しく、周囲から浮いてしまう。