大凧に乗り霞の里を訪れるふつーの女の子・ひまわり。着陸しようとした瞬間、バランスを崩し大鳥居に引っ掛かってしまったひまわりを新任教師・ハヤトが助ける。その時、ハヤトの首筋にある"痣"を見たひまわりは、10年前の飛行機事故から自分を助けてくれた"黒装束の忍者"の事を思い出し、思わず｢運命の人?｣と呟く。その様子をくノ一候補生・しきみ、あざみ、ゆすら、ヒメジが影から見ている。忍者学校だと知らずに赴任してきたハヤトは、校長・やつがしらに辞めると告げる。下山するハヤトを説得しようとひまわりが追いかける。 [アクション/バトル][コメディ/ギャグ]

初授業に緊張するひまわり。いつの間にかひまわりたちの担任になったハヤトも、山での野草授業に同行する。やつがしらは生徒たちに｢山で男子生徒と接触したら重い刑罰。"くノ一に恋は御法度!"｣と釘をさす。薬物学を得意とするしきみは、一人薬草探しに行ってしまう。やつがしらからしきみを探すよう言われたハヤトと、それを追ってきたひまわりは、案の定道に迷ってしまう。そんなハヤトを影から見やる謎の忍者・・・。一方、珍しい薬草を発見し喜ぶしきみは、傍にある穴に落ち、怪我をした男子忍者・ナナフシと出会う。

夏のある日。校庭にある地蔵の頭が、別の物にすり替えられている事に気付くハヤトは｢男子校とのカラクリ試合が近い印｣だとあざみとゆすらから聞く。興奮するひまわりは情報収集するべく、男子生徒の後をつけお好み焼き屋へ入ると、そこに変装したあざみがいる!ひまわりに気付かないあざみは、なにやら怪しい行動をみせる・・・。一方ハヤトは、行方不明になったカラクリ担当・小葉キュウリ先生に代わり、カラクリ試合を担当するようやつがしらに言われ、戸惑いつつも引き受ける。そしてひまわりたちにも協力してほしいとお願いする。

ハヤトの担当科目"一般教養"の出席率が悪いため、生徒たちを5人1組の班に分け、連帯責任制をとる学校。ひまわりと同じ班になったしきみ、あざみ、ヒメジ、ゆすらは呆然。給料カットに落ち込むハヤトは、木の上にあったやつがしらの福助人形を落とし壊してしまう!ハヤトを心配し駆け寄るひまわり。さす毛、ハンゾウ先生からやつがしらの恐ろしさを聞かされたハヤトは決意する・・・。ハヤトを想うひまわりは、設計図を求め、地獄の旧校舎へ忍び込む!5人1組の事を思い出したしきみたちもひまわりの後を追い忍び込む。

ハヤトの前で失敗し、落胆するひまわりは、部屋で"バレンタイン"と書かれた巻物を見つめる。ハヤトは、やつがしらから言われた転校生を迎えに行く途中、またしても大凧を目撃する。大鳥居に引っ掛かるも、容易に降り、お好み焼き屋へと入っていく少女・風間椿。ハヤトは大鳥居から降ろした大凧を椿に渡す。その瞬間｢ご主人様｣と膝をつく椿に困惑するハヤト。翌日、ハンゾウ先生の調理実習で黙々とチョコを作るひまわりと椿。そこへ突然入ってきたハヤトを見て｢ご主人様｣とつぶやく椿に驚愕!そして対峙するひまわりと椿。

ひまわりたちが受けている水遁の術の授業に付き合わされ、溺れるハヤト。その向こうでひまわりもまた溺れている。ハヤトを守れない自分の未熟さを悔やみながらも前向きに修行に励むひまわり。そんなひまわりを見ていたあざみは"蓬莱山の滝にいる伝説の修験者"の事を語りだす。ひまわりはしきみたちと一緒に蓬莱山の滝へやって来る。盛り上がるヒメジを押さえようとし、滝壺に落ちてしまうひまわり!またしても溺れるひまわり。しかしひょんなことから滝が割れ、煙の中からちんまりしたヨボヨボのじいさんが現れる!