東京郊外にある国立西中学校は､能力別にクラスが分かれていた｡2年γ組は最低クラスで､授業中はいつも騒々しい｡ある日の昼休み､屋上で大騒ぎが起こる｡γ組の道也(谷村隆之)が屋上に白線を引こうとして他の生徒ともめていたのだ｡問題を起こすのはいつもγ組の生徒で､担任である野村(三田村邦彦)は肩身の狭い思いをしていた｡ この事件の後､ダメ教師の野村､若菜(山本コウタロー)､伊達(片岡鶴太郎)の3人は､落ちこぼれ生徒4人と登校拒否のさとる(竹林潤一)を集めて交流会を作ることに｡さとるの家にこの話を伝えに行った道也たちは､コンピューターが並ぶさとるの部屋に驚く｡どんなことでもコンピューターで解明できると言うさとるに､道也は宇宙電波の解読をしてほしいと頼むが･･･｡

屋上でのピラミッド作戦は成功し､宇宙からのパワーが頂上に降り注いだピラミッドは､一瞬光を放って音もなく崩れた｡だが､野村(三田村邦彦)たちに見つかってしまったので､5人はみっちり叱られる羽目に｡ 放課後､野村の住むアパートに呼ばれた道也(谷村隆之)は､そこで強いテレパシーを感じる｡テレパシーの出所は､アパート2階の空き部屋だった｡その夜､再び空き部屋を訪れた道也は､不思議な光を放つ石を拾う｡道也はその部屋をUFO作戦のアジトに決め､宇宙と交信しようと考えた｡早速､部屋にさとる(竹林潤一)のコンピューターを持ち込んで､じっと様子をうかがう5人｡だが､物音を聞きつけてやって来た野村たちに見つかってしまう｡その時､不思議な現象が･･･｡

アパートの空き部屋での不思議な現象は､野村(三田村邦彦)たち教師に大きなショックを与える｡特に伊達(片岡鶴太郎)は､精神のバランスを失って寝込んでしまった｡ 翌日､さとる(竹林潤一)はアパート近くの草むらで､道也(谷村隆之)の見つけた光る石と同じ石を拾う｡2つの石を合わせると､不思議な力で道也たちは宙に浮かんだ｡もしかしたらUFOの破片かも知れないと､5人の夢は膨らんでいく｡野村はアジト締め出しを叫ぶ伊達をなだめすかし､5人に空き部屋の使用を許可した｡ ある日､部屋にあるコンピューター画面に､意味不明な暗号が映し出された｡きっと宇宙からのメッセージだと言う道也だったが､コンピューターに自信のあるさとるでもなかなか解読することはできず･･･｡

UFO作戦が校長(西村晃)と古手川(岡本麗)に知られてしまった｡校長室に呼び出された野村(三田村邦彦)は､責任を持って処分するようきつく言い渡される｡ その夜､アジトに泥棒が入り､宇宙からのメッセージを記憶させたフロッピーディスクが盗まれた｡そして､アパートから逃げて行く校長の姿を､俊二と雄作(丸山雄二)が目撃する｡校長は､古手川に引きずられてアジトの撤去を宣告したものの､UFOからのメッセージには興味津々だった｡そこで､ディスクを盗み､校長室のコンピューターで暗号を解読しようとしたのだった｡ 翌朝集合した5人は､早速ディスクを取り返す作戦を練る｡深夜､道也たちは学校へ潜入し､そこで3個目の光る石を見つけるが･･･｡

道也(谷村隆之)たちは､UFOからの暗号の解読作業に入った｡しかし､アジト撤去の日があと2日に迫り､道也らは困り果ててしまう｡そんな中､すぐに出ていけとヒステリックに叫ぶ伊達(片岡鶴太郎)をなだめ､野村(三田村邦彦)はアパートの隣にある倉庫にアジトを移動させることにした｡ ある日､伊達の頭上に突然降り注いだ無数の石の中から､道也はまた不思議な光を放つ石を見つける｡早速アジトに持ち帰り､今まで拾い集めた石と組み合わせてみることに｡すると､石はそれぞれがピッタリと組み合わさり､UFOからのメッセージに描かれた図形と同じ形になった｡道也たちは､この石をコンピューター画面に合わせてみた｡すると､そこに奇妙なメッセージが･･･｡

煙から出た光を追いかけていった道也(谷村隆之)たちは､小さなほこらの前へやって来る｡その時､アジトのコンピューターにはUFOからのメッセージと共に､不思議な模様が映し出されていた｡｢コンピューターに映し出された絵をタイムリミットまでに校庭いっぱいに描け｣というメッセージに､5人は頭を悩ませる｡ 一方､以前から道也たちのUFO作戦を良く思っていないα組のめぐみ(若葉しをり)は､5人を講堂に呼び出す｡そこで､大勢の生徒の前でUFOを呼べとはやし立てられ､道也らはひどい屈辱を受けた｡しかし､野村(三田村邦彦)たちの協力もあり､気をとり直して地上絵を描く方法を考えるのだった｡ ある夜､5人が野村の家に集まっているところへ､校長(西村晃)が現われる｡続いて､古手川(岡本麗)も様子を見に来るのだが･･･｡