28歳だが、知能は6歳児並みという知的障がい者の白鳥咲人(山下智久)。彼は、少年刑務所に入っていたなど"訳アリ"な若者が集まる花の配送センター「ドリームフラワーサービス」で働いていた。ある日、咲人は同僚の柳川隆一(窪田正孝)と、望月遥香(栗山千明)の住むマンションにバラの花束を届けに行く。遥香は配達人の咲人が精神遅滞者であることを知らないため、咲人の対応に驚き、警察を呼ぼうとする。慌てて駆けつけた柳川が事情を説明し、その場は収まりそうになるのだが、玄関にあったアクセサリースタンドのキラキラ光るイヤリングに惹きつけられた咲人は手を伸ばし、もうひと騒動を起こしてしまう。届け物もろくにできない咲人だったが、純粋で心の優しい彼の夢は、ママが好きになってくれる"お利口さん"になることだった。一方、遥香が勤める「脳生理科学研究センター」では、チームリーダーの蜂須賀大吾(石丸幹二)による知的能力を向上させる研究が進み、白ねずみのアルジャーノンへの動物実験が成功していた。社長の河口玲二(中原丈雄)から次の展開となる臨床試験をするよう後押しされるが、プレゼンから戻ってきた研究員たちからは、口々に時期尚早ではないかと心配する声が…。しかし、蜂須賀に科学者としてだけでなく男性としても惹かれていた遥香は、蜂須賀の判断を妄信的に信じていた。早速、遥香たちは障がい者たちを支援している施設へ赴き、臨床試験の被験者を探すが、副作用のリスクなどを鑑み、了承をもらえる被験者がなかなか見つからずにいた。そんな中、アルジャーノンが檻から逃げ出し行方不明になってしまう。アルジャーノンに取り付けているGPSで居場所を確認するが、探し当てることが出来なかった。その頃、咲人は会社の同僚たちと渋谷へナンパをしに行っていた。仲間の言いなりで一人路上に立ち女性へ声をかけていた咲人は、ガラの悪い男にからまれ殴られてしまう。そんな咲人のもとへ、一匹の白いネズミが近寄ってきた。それに気がついた咲人は…。

白鳥咲人(山下智久)が勤める「ドリームフラワーサービス」の給料日。社長の竹部順一郎(萩原聖人)の方針で、柳川(窪田正孝)や檜山康介(工藤阿須加)ら従業員は、毎月、現金で給料を渡される。笑顔で給料を受け取る咲人に、「何か買うのか？」と檜山が尋ねると、咲人は「おりこうになって、めんきょをとります」と答える。そんな折、柳川の母親・京子(田中美奈子)がドリームフラワーサービスを訪ねてきた。竹部社長にあいさつに来たという京子だが、もらったばかりの給料を京子に渡す柳川。そのやり取りを咲人と檜山に見られた柳川は、気まずい様子を隠せないでいた。一方、知能を飛躍的に向上させる研究を行っている蜂須賀(石丸幹二)ら研究チームは、白ねずみのアルジャーノンを使った実験成果に自信を持つが、次のステップとなる人体への臨床試験へ協力してくれる被験者が見つかっていなかった。一日でも早く研究を進めたいと焦る蜂須賀に、遥香(栗山千明)は手助けをしたい一心で、咲人の存在を伝える。そして、咲人が勤めるドリームフラワーサービスを訪ね、被験者として咲人に協力してほしいと竹部に頭を下げる。そんなある日、河口梨央(谷村美月)と小出舞(大政絢)から連絡をもらった咲人と柳川、檜山は、ひょんなことから遊園地でデートをすることに…。

知能を飛躍的に向上させる研究チームのリーダー・蜂須賀(石丸幹二)から、「魔法をかけてあげよう」と言われた咲人(山下智久)。それからほどなく、咲人の適正テストが始まったが芳しい結果が得られず、研究チームは表情を曇らせていた。しかし、咲人を被験者として推薦した遥香(栗山千明)は、咲人のテストに対する熱意や向上心には特筆すべきものがあると主張する。そんな遥香に蜂須賀は、喜び、怒り、悲しみ、そのほかさまざまな欲求など、咲人の人間らしい情動について観察するよう指示する。そんなとき、白ねずみのアルジャーノンの飼育を担当する小久保一茂(菊池風磨)から、アルジャーノンのお嫁さんについて話を聞いた咲人。世界でいちばん好きな女の子はいないのかと小久保に質問されるが、咲人は考え込んでしまう…。一方、咲人が勤める「ドリームフラワーサービス」の社長・竹部(萩原聖人)から、咲人が知能を向上させる手術を受けると聞いた柳川(窪田正孝)と檜山(工藤阿須加)は、母親に金で売られて騙されていると思い、手術に反対する。しかし、手術を受けるのは咲人自身の願いだと竹部は柳川らを諭す。そんなある日、咲人のことを気に入った梨央(谷村美月)は、舞(大政絢)が反対するのを聞かず、咲人と柳川、檜山を自分の別荘へ誘う。果たして、咲人にアプローチする梨央の真意とは？その背景には、梨央が抱える大きな秘密があった…。

ついに、知能を飛躍的に向上させる手術を無事に終えた咲人(山下智久)。蜂須賀(石丸幹二)ら研究チームは、術後に様々なテストを実施し経過を検証するが、咲人と同じ手術を受けた白ねずみのアルジャーノンの場合、術後に目覚しい効果が表れたにもかかわらず、咲人に大きな変化は確認できなかった。「おりこうになったのか？」と尋ねる咲人に対し、遥香(栗山千明)は「信じて待ってみよう」としか言えなかった。一方、柳川(窪田正孝)と檜山(工藤阿須加)は、梨央(谷村美月)と舞(大政絢)を誘って寮で咲人の快気祝いを開き、数日後に予定されている草野球の試合へ応援に来てほしいと声をかける。そんなある日、咲人の定期検査の後、蜂須賀は咲人と遥香を食事に連れ出す。草野球の試合では補欠だという咲人の「おりこうになればやきゅうできますか？」という質問に、脳の機能が向上すれば運動機能も上がるはずだと答える蜂須賀。続けて、「野球が上手くなるかもしれない」と遥香が蜂須賀の言葉を説明すると、嬉しくなった咲人は笑顔になり、応援に来てほしいと遥香を誘った。そんな咲人の様子を見ていた蜂須賀は、"禁断の果実"を食べたというアダムとイブの神話について話し始める。しかし、咲人にはその意味が理解できなかった。なぜ、蜂須賀はアダムとイブの話をするのか？ その意図とは！？

草野球の試合でホームランを放ち大活躍の咲人(山下智久)は、蜂須賀(石丸幹二)ら研究チームのテストでも成績が飛躍的に伸びていた。ついに手術の効果が表れてきたのだ。お利口になったことを認識し始めた咲人は、今までと世界が違って見えるようになったことを感じていた。また、遥香(栗山千明)に対して特別な感情を覚え始めていたが、咲人自身はその感情をどう理解していいのかわからないでいた。仕事ではミスもなくなり、"知"への欲求が強まった咲人は、時間さえあれば様々なジャンルの本を読み漁るようになる。そんなある日、咲人の夢が運転免許の取得だと聞いた蜂須賀が、咲人に赤いスポーツカーをプレゼントする。運転免許を取ったら遥香とドライブがしたいという咲人に、遥香は笑顔で承諾。ほどなく、咲人は教習所へと通い始めることに。そんな咲人を見守る柳川(窪田正孝)と檜山(工藤阿須加)は、最近の咲人の変化に驚きを隠せないでいた。一方、「免許を取ってどうしたいの？」と梨央(谷村美月)と舞(大政絢)が咲人に尋ねると、遥香とドライブに行く約束をしたと答える。それを聞いた梨央たちは…。

遥香(栗山千明)と蜂須賀(石丸幹二)が、キスしているところを目撃してしまった咲人(山下智久)は、梨央(谷村美月)を呼び出して一夜を共にする。その翌日、蜂須賀に呼び出された遥香は、咲人と気まずく顔を合わせた。そんな遥香に蜂須賀は、咲人の母親・窓花(草刈民代)の住まいを教えてほしいと言う。「手術が成功した今の自分を見たら、母にも喜んでもらえる」という思いから、窓花に会いたいと、咲人が蜂須賀に申し出たのだ。ならば、自分が一緒に行って案内すると言う遥香に、咲人は一人で大丈夫だと答える。一方、咲人と梨央が一夜を共にしたことを聞き、ビックリする柳川(窪田正孝)と檜山(工藤阿須加)。そんな梨央に舞(大政絢)は、梨央の父・河口(中原丈雄)から病気のことを聞かされたと打ち明ける。そんなとき、遥香がドリームフラワーサービスの竹部(萩原聖人)を訪ねてきた。咲人が寮で使う睡眠学習装置を設置しにやってきたのだ。遥香から、今日は咲人が一人で母親に会いに行っていると聞かされ、竹部の顔色が一変する。一体、竹部は何を心配しているのだろうか？そのとき、そんな竹部の心配をよそに、咲人は母・窓花の家のインターホンを鳴らしていた…。