入間みちお（竹野内豊）は、東京地方裁判所第3支部第1刑事部＜通称：イチケイ＞の刑事裁判官。元弁護士という異色の経歴を持つみちおは、ヒゲを生やし、服装はカジュアル、とぼけた発言もしばしばという、お堅い裁判官のイメージとはほど遠いゆるい空気をまとった男だが、先入観に一切とらわれない自由な観察眼と、徹底的に調べ上げる探究心を持ち、弁護士団や検察官の双方から恐れられているクセ者だ。 そんなみちおを見守っているのは、イチケイの部長で、有罪率99.9％といわれる日本の刑事裁判において30件あまりの無罪判決に関わっている伝説の裁判官・駒沢義男（小日向文世）と、元傍聴マニアで、みちおのファンを公言している裁判所書記官の石倉文太（新田真剣佑）。また、お人よしの主任書記官・川添博司（中村梅雀）、3つ子の母でもある姉御肌の裁判所書記官・浜谷澪（桜井ユキ）、物おじしない新人の裁判所事務官・一ノ瀬糸子（水谷果穂）も、しばしばみちおに振り回されつつ、イチケイを支えているメンバーだ。 そのイチケイに、若くして特例判事補になったエリート・坂間千鶴（黒木華）が赴任することになった。東大法学部出身の坂間は、冗談が全く通じない堅物タイプで、裁判官が的確かつ速やかに事件を処理することで日本の治安が維持されている、と強烈に自負している。坂間がイチケイに異動してきた目的は、事件の処理件数が信じられないほど少なく、会社なら倒産レベルの“赤字”状態であるイチケイを立て直すためだった。 駒沢は、さっそく坂間にみちおと組むよう指示する。みちおを裁判長に、坂間と駒沢の3人で審議する合議制で取り組むことになった起訴案件は、大学生の長岡誠（萩原利久）が、代議士の江波和義（勝村政信）に全治1ヵ月のケガを負わせた傷害事件だった。実は誠は、江波の秘書だった洋一郎の息子。洋一郎は、2ヵ月前、不正献金疑惑で東京地検特捜部がマークし始めた矢先に、電車に飛び込んで自殺を図っていた。 検察側から、みちおのお目付け役として東京地検第3支部に異動してきた井出伊織（山崎育三郎）と、上司の主任検事・城島怜治（升毅）が出廷した第1回公判。誠は江波の方から先に殴ってきたと証言し、父は自殺ではないと主張した。するとみちおは、傷害事件のもとになった洋一郎の死の真相を確かめる必要があるとして、捜査権を発動し現場検証を行うと言い出して坂間や井出たちを驚かせる。

みちお（竹野内豊）たち地裁チームと、甲子園出場経験もある井出（山崎育三郎）を擁する地検チームによる、恒例の草野球試合が行われた。坂間（黒木華）は、2打席連続ランニングホームランの井出を迎えた投手のみちおに対し、敬遠すべきだと主張する。しかし、みちおは、0.1％でも可能性があるなら勝負がしたいと言い出し・・・。 その夜、坂間は、最高裁判所判事で、司法研修所時代の上席教官でもある日高（草刈民代）から呼び出され、あるパーティーに出席する。そこで坂間は、最高裁事務総局の事務総長・香田健一郎を紹介される。健一郎は、坂間が東京地裁第3支部の立て直しを任されていることを承知しており、人事局でもみちおの存在が問題視されつつあることを彼女に告げる。それを受けて日高は、みちおの問題行動に対して処分が必要だと判断した場合は人事局にあげてほしい、と坂間に指示する。 そんな折、イチケイの部長・駒沢（小日向文世）は、合議制で扱いたい案件があるとみちおたちに告げる。それは、1審で有罪判決が下された、人気料理研究家・深瀬瑤子（前田敦子）による幼児虐待事件だった。瑤子は、当時1歳半の長女が泣き止まないことに苛立ち、激しく揺さぶるなどしてケガを負わせたことにより、傷害罪で2年6ヵ月の有罪判決を受けていた。だが瑤子は判決を不服として控訴。それを受けて高裁は、審理内容を精査し、地裁に差し戻したのだ。しかし、実はこの案件、第1審の裁判長を健一郎の息子・隆久が務めた“取り扱い要注意”案件で・・・。

「どうしたらなれるか、アインシュタインに」。ある日みちお（竹野内豊）は、坂間（黒木華）たちイチケイメンバーにそう質問する。ヒントは、裁判官にも大事なことだとみちおは言うが・・・。 そのとき、起訴状を読んでいた部長の駒沢（小日向文世）は、合議制で扱いたい案件がある、とみちおたちに告げる。案件は重過失致死及び死体損壊の事件で、被告人はガラス工房で働く藤代省吾（岡田義徳）、被害者は市役所職員の野上哲司（成松修）だった。その教室には野上の14歳になる娘・碧（渡邉心結）が通っていたが、迎えに来た碧の母で、笹原警察署の警察官でもある奈緒（佐津川愛美）に一方的に好意を抱いた藤代は、「野上哲司は浮気している」「夫と別れなければ罰を与える」等の監視や人格非難にあたる内容の手紙を差し出し人不明で送りつけていた。それが藤代の仕業だと気づいた野上は、事件当夜、藤代と工房で会い、口論からつかみ合いになったという。藤代は工房にあった自転車に乗って逃げようとして野上と衝突。そのまま後ろに倒れた野上は、後頭部を強く打ち命を落としたらしい。犯行の露見を恐れた藤代は、野上の遺体を焼却炉で燃やしていた。 みちおが裁判長を務めた第1回公判、入廷してきた駒沢の姿を見た藤代は驚く。実は駒沢は、18年前に裁判長として藤代を裁いたことがあり・・・。

みちお（竹野内豊）は、坂間（黒木華）を訪ねて裁判官官舎にやってきた彼女の妹・絵真（馬場ふみか）と出会う。絵真から、姉はどんな裁判官なのかと尋ねられたみちおは、裁判を傍聴してみてはどうかと言い出す。 その後絵真は、みちおと一緒に、坂間が裁判官を務めたいくつかの公判を傍聴することに。そんな中、イチケイの部長・駒沢義男（小日向文世）は、家庭裁判所から逆送されてきたある少年事件を合議制で扱いたい、とみちおたちに告げる。被告人は17歳の望月博人（田中偉登）。半年前に高校を中退した博人は、レジャー施設でアルバイトスタッフとして働いていたが、あるとき売上金5000万円を盗んで逃亡。警察に逮捕されそうになった際には、繁華街のビルの非常階段から盗んだ現金をばらまいていた。みちおは裁判長は坂間がいいのではないかと提案し、坂間も決意を表明する。 そして始まった第1回公判。博人は完全黙秘を貫き・・・。

みちお（竹野内豊）たちの元へ、あるバレエ団で起きた傷害事件の起訴状が届く。被告人は、バレエ団代表で振付師の槇原楓（黒沢あすか）。被害者はそのバレエ団の元トレーナーの矢口雅也（松木研也）だった。2人は口論からつかみ合いになり、槇原は矢口を突き飛ばした。頭を強く打った矢口は一命を取り止めたものの、現在も意識不明の重体だった。その起訴状を見た石倉（新田真剣佑）は驚きを隠せなかった。このバレエ団には、海外からも注目されているバレリーナ・馬場恭子（生田絵梨花）が在籍していた。実は恭子は、石倉の中学・高校時代の同級生で、初恋の相手でもあった。 坂間（黒木華）が裁判長を務めた第1回公判。傍聴席には恭子だけでなく、何故か別の事件の公判を終えたばかりのみちおの姿もあった。冒頭陳述で、検察官の井出（山崎育三郎）は、トレーナーとしてバレエ団に在籍していた矢口が複数のダンサーに対してセクハラを行い、槇原に解雇されたことで一方的に恨みを抱いていたことなどを説明する。すると、『みちおを見守る会』の傍聴マニアから画用紙を借りたみちおが、「さっき、食い逃げの公判をやったんだよ。食い逃げとバレエ団、ふたつの裁判、ひとつにくっつけたいんだよ」と書いた紙を坂間に見せる。別々の事件であっても犯人が共通していたりする場合にまとめて審理する「併合審理」をしたいというのだ。坂間は、そんなみちおを退廷させるが・・・。

草野球の試合を終えたみちお（竹野内豊）たちは、相手の井出（山崎育三郎）ら地検チームと一緒に石倉（新田真剣佑）の実家『そば処いしくら』に集まって飲んでいた。そこに、坂間（黒木華）が日高（草刈民代）を連れてやってくる。坂間は、女性裁判官の会に出席し、日高の最高裁長官内定のお祝いをしていたという。 するとみちおは、志摩総一郎（羽場裕一）という男の名前を出し、彼が被害に遭った窃盗事件を担当することになったと日高に告げる。志摩は、弁護士時代のみちおが最後に担当したある事件に関係する人物だった。 みちおが裁判長を務める窃盗事件とは、前科6犯の窃盗犯・岸田（バカリズム）が、会計事務所所長の志摩の自宅に忍び込み、現金113万円を盗んだ事件だった。岸田は犯行後、盗んだ自転車で逃走を図ったが、その途中で新聞配達員と自転車同士の衝突事故を起こして顔を見られたため自首していた。 第1回公判で、岸田はエリート人生から転落して窃盗を繰り返したという井出の言葉に反発し、泥棒がいかに魅力的な仕事であるか、どんな金庫も開けられる優れた耳を持つ自分がその個性を生かすためにいかに努力をしているかを力説し始める。また岸田には、金が余っている家しか狙わず、人は絶対に傷つけない、というポリシーがあるらしい。 みちおは、理路整然と話す岸田が、逃走時のことになるとあいまいな話をし始めることや、今回初めて自首してきたことが気になり、逃走経路周辺の防犯カメラを確認することにするが・・・。