男性のみで構成された国家タラークの3等民のヒビキは、工場の仲間達の挑発に乗って完成品の蛮型を持ち帰る約束をしてしまう。しかし、ヒビキが忍び込んだ艦隊旗艦イカヅチでは、女性のみで構成される敵国メジェールの海賊を掃討すべく、1等民の士官学校卒業生達による初の戦闘作戦が開始されようとしていた…。

イカヅチの制御システム、ペークシス・プラグマから流れ出した結晶体に包み込まれてゆくヒビキ達。船体に傷を負ったイカヅチは、周囲の残骸を取り込んで自己修復を始め、なんとメジェール鑑と融合してしまう。そして、結晶体を浴びたメジェール人、ディータ達のドレッド機の姿もまた変化していた。

ヒビキの蛮型とディータのドレッドが合体したクリスタルの巨人、ヴァンドレッド・ディータの活躍で、突如攻撃してきた未知の敵を倒したものの、イカヅチ艦内は結晶体に大部分を覆い尽くされてしまった。しかも村正の爆発の影響でイカヅチはメジェール艦と共にワープを起こし、全く別の星域にいることが判明する。

メジェールとタラークに危機が迫っていることを知ったヒビキ達は、それぞれの母星に向けて通信ポッドを送ることにした。しかし、敵襲が始まり、射出されたポッドは打ち落とされてしまう。メイア達より早く飛び出したヒビキは敵をなぎ払い、あっという間に撃破してしまう。恩着せがましい態度を取るヒビキにマグノは…。

ニル・ヴァーナの前方に、小惑星が現れる。惑星表面に熱源反応を確認したブリッジでは、敵の『刈り取り』作戦に関する情報を得ようと緊張感漂う観測を続けていた。格納庫で蛮型のメンテナンスに励むヒビキだったが、相次ぐ戦闘のせいか疲労の影は濃い。そんなヒビキに、ジュラはある計画を胸に接近してきて…。