2025年4月、沖縄・磐戸島。少年フカイ・アオは、幼馴染のアラタ・ナルと一緒にいた。不思議な夢を見たとアオに告げるナル。ナルと別れ海辺へ降りてきたアオは、飛行不能になったFPにひかれそうになる。FPから飛び出してきたのは運び屋のガゼル。ガゼルは日本軍から依頼を受けたあるブツを運搬中だった。アオとガゼルが口論をするうちに、海に巨大な光の柱が現れるのを目撃する。スカブバーストの予兆現象だ。その光が消えたと同時に、巨大なスカブコーラルが浜辺に出現した。ナルを守るためとって返すアオ。その時、アオは既にブレスレットを手にしていた。それは、ガゼルが運ぼうとして落としていったブツの一つだった。

スカブコーラルによるスカブバーストの危機。そしてシークレットの襲来。混乱の中、ブレスレットの紛失に気づいたガゼルはアオを連れて依頼主の乗る日本軍特命輸送艦「しもきた」に乗り込もうとする。その時、シークレットがしもきたを狙ってビームを発射。爆発に巻き込まれたガゼルのFPからアオは放り出されるが…。

マーク・ワンと呼ばれるIFO、その名前はニルヴァーシュ。島の洞窟にニルヴァーシュを隠したアオはナルの父、ミツオに拘束され、カズユキの道場へと連れて行かれる。カズユキは語る。13年前、謎の妊婦が空から落ちてきた。その女を助け、かくまったのが医師のフカイ・トシオ。その彼女から生まれたのがアオだった…。

連合軍沖縄基地では、アメリカ軍のIFOアイゼンハワーが発進を控えていた。IFO部隊を指揮するニキ・タナカの目当てはニルヴァーシュ。一方、新たなシークレットが現れた磐戸島では戦闘が続いていた。沖縄自衛隊のF35が迎撃するも、通常兵器ではシークレットにダメージを与えることができない。対シークレット作戦を展開するチーム・パイドパイパー。フレアのIFOアレルヤ、エレナのIFOキリエも戦闘を開始する。アオもニルヴァーシュでシークレットに向かうが、不用意にZOAに突入。フレアにピンチを救われる。アオにシークレットとの戦い方を説明するフレア。アオは、フレアとの会話からシークレットを倒す方法を思いつく。

チーム・パイドパイパーに参加することを決めたアオは、トリトン号でスイスにあるゲネラシオン・ブル本社に到着する。そこは数千人が働く巨大な塔で、一つの都市に匹敵するだけの規模を持っていた。アオがフレアに連れられ居住ブロックに向かうと、一緒にやってきたノアが逃げ出して騒動になっているというニュースが飛び込んでくる。ノアを捕まえるために駆け出すアオ。整備が始まったトリトン号から転がり落ちたのは、ガゼルたち三人。密航していたのだ。そのガゼルは、ゲネラシオン・ブル社長、クリストフ・ブランに会うことを要求する。ガゼルはキリエがスカブコーラルから“何か”を抜き出す映像を見せながら、ブランに取引を持ちかける。

チーム・ゴルディロックスはカリブ海上空で、シークレットと接触する。シークレットの思わぬ攻撃に次々と撃墜されるIFOのレクイエム、グロリア、クレド。また、三機を救おうとした母艦メドン号も傷つき大破してしまう。現場に到着したチーム・パイドパイパーだったが、シークレットの巻き起こす暴風によってシークレットに近づくことすらできない。アオたちには、破壊されたメドン号やIFOの部品の回収を優先しつつ、チーム・ゴルディロックスのメンバーの救援をするようにと命令が下るが、アオはその現場で、連合軍のIFOアイゼンハワーを目撃する。そのアイゼンハワーには、謎の美女の姿があった。