人々が突然不気味な木になる事件が頻発し渋谷のスクランブル交差点に森が出現してしまう。中学生の犬山まなが半信半疑で妖怪ポストに手紙を出すと、カランコロンと鬼太郎がやってきた! 鬼太郎と目玉のおやじは、何百年も昔に封印されたはずの妖怪の後を追う。

ねずみ男が立ち上げた芸能事務所の人気アイドルグループのコンサートで、来場者5万人が消えた！鬼太郎たちが駆けつけると、そこには見上げ入道が・・・！

子供たちが次々に失踪してしまう。古に封じられてた妖怪城が力を取り戻したのだった。さらわれたまなたちを救うために鬼太郎たちが立ち上がるのだった。

小学生の裕太がゲゲゲの森に来てしまった。鬼太郎はしぶしぶ森の中を案内するが、妖怪が好きな裕太は大喜び。ところが、山じじいの木の実を摘んでしまい・・・。

ねずみ男が妖怪・かみなりの能力に目をつけて電気会社を立ち上げたところ大当たり！しかし、かみなりのコントロールがだんだんきかなくなって・・・！？

とある青年から「山奥の村にひとりで暮らす母が妖怪に取り憑かれた」という手紙が届き、鬼太郎がやってきた。しかし母親は息子の言うことを否定して・・・？