太正8年、春。陸軍・米田一基は、来たるべき降魔との戦いに備え帝国華撃団構想を推進していた。世界中で霊子兵器を操る異能者を求め、上海で李 紅蘭、ニューヨークでマリア・タチバナ、沖縄で桐島カンナ、そして、フランスでアイリスをスカウト。一方、川崎の神崎重工では霊子兵器の開発が進められていたが、主要兵器である霊子甲冑は、適した異能者が見つからず難航していた。だが、神崎重工会長の孫娘・神崎すみれが一号機「桜武」の実験を見学に来たある日、事態は意外な方向へ進展する。その頃、仙台では一人の少女が剣の稽古に励んでいた。少女の名は真宮寺さくら。降魔との戦いに巻き込まれる己の運命をまだ知らない。

太正11年、新春。準備を進めていた秘密部隊・帝国華撃団がついに発足した。米田総司令のもとに集まった4人の少女・紅蘭、カンナ、マリア、そしてアイリス。彼女たちを待っていたのは激しい降魔との戦いではなく、舞台に立つためのダンスや発声練習だった。彼女たちは世間に対する表の顔として「帝国歌劇団」の活動を開始し、けいこに励んでいた。ある日花組は、戦力強化のためにすみれを新メンバーに迎える。ところが彼女の高慢な態度にカンナは激怒し、花組は一触即発の危機に。一方、真宮寺家では上京を決意したさくらに、先祖代々伝わる北辰一刀流奥義を記す巻物が手渡されようとしていた。

太正12年、帝都の不安な日々に応えるようにして、帝国華撃団の活動が本格的になってきた。入団して1年が経つマリア、すみれ、アイリスの3人は帝国歌劇団として舞台に立つ毎日で忙しくなり、その合間に帝国華撃団として霊子甲胄・光武に搭乗して戦闘訓練もこなしていた。そこに、父親の敵討ちのために沖縄に帰ってしまったカンナと入れ替わりで、真宮寺さくらがやって来た。しかし、さくらは新人とはいえドジばかり。戦闘訓練での失敗などが重なり、なかなかうまく花組にとけ込めず肩を落とす。そんなさくらを見ながら、隊長のマリアはあることを思いつく。その頃、日本橋の地下深くでは黒之巣会が動き出そうとしていた。

黒之巣会と幾多の戦闘を繰り広げ、帝都華撃団・花組の隊長として信頼されるようになった大神一郎。しかし、個性豊かなメンバーに慕われながらも振り回される毎日に、さすがの大神も疲れ果ててしまう。そんなある晩、見回りをしていた大神は、剣の修行に励むさくらと出会う。そこで自分のことを心配してくれる花組みんなの気持ちを知り、大神は「人々に夢を与える君たちがうらやましい」と胸の内を打ち明ける。それを聞いたさくらは、花組隊長として戦うだけではなくお芝居の指揮をとるように大神に提案するのだった。こうして、一日だけの特別公演「真夏の夢の夜」が企画された。だが、帝都を脅かす悪は容赦なく忍び寄り……。