平穏な１年が過ぎた。ホームランダーはすっかりおとなしくなり、ブッチャーは、よりによってヒューイの指図を受けながら政府のために働いている。しかし２人の心には、平和と静寂を血と骨に変えたいという衝動があった。能力者を倒せるという謎の武器の情報がボーイズにもたらされ、セブンとの衝突、戦争へと動き出す。そして彼らは、最初のスーパーヒーロー、ソルジャー･ボーイの伝説を追うことになる。