シカゴ消防局第51分署が出動した悲劇の倉庫火災で、39人の命が奪われた。シカゴ警察は容疑者の捜索を進め、放火および殺人の容疑で男を逮捕。ピーター･ストーンが、主任捜査官アントニオ･ドーソンをはじめとするチームとともに、犠牲者の多くの遺族や友人たちのために事件の解決を目指す。その中には、彼らにとって非常に親しい仲間も含まれていた。敏腕弁護士が被告側につくと、ストーンたちは不確かな自白や、有罪を示唆する証拠、疑わしい動機について立証を迫られる。

ストーンと州検察チームは、1人の青年が逮捕されてから死に至るまでの一連の経緯を捜査。警官と救急隊員と医師を被疑者として訴追するも、大陪審は検察の意に反し、ケビン･アトウォーター巡査のみの起訴を決定。ポール･ロビネットがアトウォーター被告の弁護を担当する。

イスラム教徒の大学院生が惨殺された。ストーンとそのチームは、彼の友人だったもう1人のイスラム教徒の学生を逮捕する。だが容疑者は、テロ攻撃を未然に防ぐための殺害だったと主張。陪審は彼を殺人犯とみなすのか、それとも英雄とみなすのか、決断に迫られる。

高名な判事が、バルデスと一緒にバーを出た直後に射殺された。ストーンはバルデスの自覚に欠けた行動を問題視し、彼女に捜査から身を引くよう命じる。捜査を進める中で事件の背景に浮かび上がったのは、判事が過去に甘い判決を下した大学生レイプ事件裁判だった。

男性が自宅で刺殺されているのが発見された。ネイゲルとドーソンは、彼が海軍特殊部隊に所属していたこと、そして軍の極秘任務に関する真実を手記の中で暴露しようとしていたことを知る。ストーンは、被害者が殺された理由を、失敗に終わった作戦で起きた出来事を隠蔽するためだったと確信。しかし、動機を示すその強力な証拠は機密情報であると司法省が主張し、裁判の行方が危ぶまれる。ストーンはジェフリーズの指示に逆らい、検事生命を懸け、その証拠を裁判で利用することに決める。

シカゴの約50キロ郊外で、ガンを患っていたシカゴ警察のテッド･コーディ巡査が浴槽で死んでいるのが発見された。一見すると自殺のようだったが、現場に到着したドーソンとネイゲルは、それが他殺であることをすばやく見抜く。捜査を進めてたどり着いたのは、ストーンの因縁の敵だった。今度こそ男を刑務所に送ることはできるのか。