壮大な最終シーズンでは、遠隔にある帝国の研究所でオメガが自分の内面と対峙する一方、99部隊はオメガを取り戻すための戦いにおいて限界を試される。分裂し、あらゆる方向からの脅威に直面している一行は、予期せぬ同盟者を引き入れ、危険な任務に乗り出しながら、帝国の魔手から自由になるために、身に着けてきたすべてを総動員して対処せねばならない。 この作品には激しい光の点滅を伴うシーンが含まれています。光に敏感な方はご注意ください。