天体危機管理機構上層部の陰謀が徐々に明らかになり始め、下地島迎撃基地の面々による調査が核心に近づき始めた時、巨大彗星群がついに太陽系に突入した。しかも太陽を背にして接近しているために観測データに誤差が生じ、明日にも2個の巨大な彗星が同時に地球を襲うという緊急事態が発覚する。衛星軌道上の全オービタルステーションと各国の迎撃基地が総力を挙げて迎撃体制をとりつつある中、静羽はランと共にレイを天体危機管理機構つくば研究所から連れ出すことに成功する。一方、つくば研究所の治療室に収容された美風は…。

第8オービタルステーションでのブリーフィングで、3個の巨大彗星が同時に地球を襲うことが判明した。太陽風を背にして来るために進路予測が困難な上、質量はいずれもナイジェル87クラスで、通常のミッションプロフィールでは地表の2/3に破片が降り注ぐことになる。千鶴たちコメットブラスターは、美風たちメテオスイーパーに最後の望みを託しつつ、危険な作戦に挑戦する…。