超高々度迎撃機パイロット・メテオスイーパーの本庄美風は、彗星迎撃部隊の花形・コメットブラスターの養成施設でもある沖縄の下地島基地で、訓練の日々を送っていた。パイロット一家に生まれ、何の疑問も持たずにここまで来た美風だが、周りからとり残されていく不安感から次第にやる気を無くしていき…。

コメットブラスターになることが本当に自らが望んだものなのか、わからない美風。そんな時トラブルが重なり、美風達に出撃命令が下される。彗星の破片が地上に落下するまで、あとわずかの時間しかない。嬉々として迎撃機に乗り込んでいく彩雲と香鈴。しかし、静羽が見たものは、滑走路に立ちすくむ美風の姿だった。

宇宙へ行くという目標を見つけた美風。人が変わったように真剣に訓練をこなそうと頑張る美風だが、今までのだらけた生活がたたり、すぐにオーバーヒートしてしまう。そんな時、佐古達の高度記録の話を聞き、自分もいつか挑戦してみよう、と美風は心に決めるのだった。そして、ついに迎撃訓練の日がやってきた。

前回の迎撃が認められ1番待機になった美風。同期の翼は自分が美風に抜かれたことに納得がいかず、射撃訓練場で美風に対決を挑む。美風は翼の挑発など気にも留めていなかったのだが、負けず嫌いの性格からついつい本気に。そんな中、2度目の出撃の時が来た。今回は自信を持って、迎撃に飛び立った美風だったが…。

意識が戻らない香鈴。怒りが納まらない彩雲。何もできない静羽。そして、査問会に召集される美風。こじれた友情の絆をもとに戻す術を見つけられないまま、美風はどす黒い大人の社会に引きずり込まれていく。そんな絶望の中、偶然、憧れのコメットブラスターに遭遇した美風達。しかし、事態は思わぬ展開に…！？

広陳で飼われているデブ猫・アリス。通称「テートク」。18歳というこの老猫が、ある日基地に潜入したところから事件は起こった。機密データチップがテートクと共に消えたのである。事態を重く見た沙也華は、基地全体にテートクの捕獲を指令。基地をあげての猫騒動は、次第にエスカレートしていき…。