西暦2201年。惑星間の瞬間移動すら可能とする「ボソンジャンプ航行」の鍵となる古代遺跡が、地球と木星の政治体制転覆を企む「火星の後継者」の手に落ちた。ボソンジャンプの技術を独占すれぱ、過去の歴史への介入すら可能となる。正に人類の歴史最大規模のクーデターである。発進する新・機動戦艦ナデシコ。艦長は16歳の少女、ホシノ・ルリ。そして、彼女達の前に現れる謎の機動メカ・ブラックサレナ。そのパイロットこそ、旧ナデシコのクルーであり、一度はルリの育ての親となったテンカワ・アキトの、復讐鬼となった姿だった。