Paul's sudden disappearance leaves a few clues that lead his grandson Luke to a Time Traveling Elevator, and he must travel through time to find his missing grandfather.

ポンペイに住む少女ミアが、ファウヌスの像を持って逃げている。レリックガーディアンとして初の公式ミッションに挑むルークは、ジーンを連れポンペイにタイムトラベル。その後、地下水路を通ってミアを追いかけていると、どこからともなくインディアナが現れるのだった。

ルークはインカ帝国の時代、1492年のペルーに飛び、魔女が聖なる水を盗もうとしていることを知る。水が宝であると考えたルークは、魔女だと思い後を追った少女ローラこそが、太陽の神に遣える女性アクラであると判明する。

インディアナは若い娘メイを誘拐し、越の王・勾践の剣、越王勾践剣（えつおうこうせんけん）を盗もうとしていた。ルークはメイの親友で護衛のリンリンと出会い、メイとインディアナが向かった恵済の山へ。一方スターズホテルでは、ジーンがルークの大事なアストロラーベを紛失し、落ち込んでいた。