ノルウェー・オスロに向かっていた急行列車「ベルゲン」が、走行中に突如として消失、3km先にワープして甚大な被害を起こす事件が発生した。その不可解な現象は、天才発明家ニコラ・テスラが残した遺産で、超常的な力が閉じ込められた水晶「テスラの欠片」の仕業だという。根来忍者の末裔である女子高生・根来牡丹は、祖父の甚吾から「世界を救う」ことを宿命付けられ、育てられてきた。彼女は「テスラの欠片」の悪用を防ぐべく甚吾が組織した「日本安全振興株式会社」に諜報員として参加。諜報作戦「ミッションT」を発動し、事件の真相を追う。