ローマに向って航行中の豪華飛行客船トリスタン号が、吸血鬼によってハイジャックされた。教皇庁に捕らわれている吸血鬼を全員解放せねば乗客もろともトリスタン号をヴァチカンに墜落させると要求する。たまたま乗客として乗り込んでいたヴァチカン神父アベル・ナイトロードはスチュワーデスのジェシカと協力してハイジャックを阻止しようとする。

吸血鬼テロ組織“悪の華”のアジトに踏み込んだアベルとトレス。彼らが見たのは、吸血鬼達の惨殺死体だった。なぜか仲間同士で殺しあったらしい形跡が残る惨劇の場で、唯一の生存者である少女エリスを保護したアベル。エリスの特殊能力を利用しようとする吸血鬼から彼女を護ろうとするアベルだが、仲間のトレスは彼女を危険因子として排除しようとする・・・。

吸血鬼ハンガリア侯爵ジュラが、恐怖で市民を支配する地“イシュトバーン”。かつては平和の為にロストテクノロジーを復活させようとしたジュラだが、今はそのロストテクノロジーを使いヴァチカンに復讐をしようとする。ヴァチカンより任務を受けこの地に降り立つアベルは、殺されたシスターの復讐に手を汚すシスターエステルと仲間のディートリッヒに出会う。

ロストテクノロジー『星』を使いヴァチカンに宣戦布告をするジュラだったが、それは帝国とヴァチカンを戦争させようとするローゼンクロイツが仕組んだ策略だった。ローゼンクロイツの陰謀を阻止しようとするアベル。だが『星』の暴走を止める手段は無く、ついにその照準はローマに向けられた!

イシュトバーンの事件後、エステルは国務聖省に入省すべくローマにやってきた。｢人類とヴァンパイアが共存できる世界を作りたい｣という夢を抱く彼女を、カテリーナやほかの派遣執行官達は暖かく迎えてくれる。ノエルに案内されて国務聖省を見て回るエステルだが途中はぐれてしまうが、教皇庁の奥庭で、泣いているひとりの少年と出会う。