世界中の「奇跡」の真偽を調査する奇跡調査官、平賀・ヨゼフ・庚とロベルト・ニコラス。彼らはサウロ大司教から、セント・ロザリオ教会の調査を命じられる。それは「神の子を宿した」と主張するシスター・ドロレスの処女受胎の真偽と、悪魔崇拝疑惑を裏付ける「蛇の割り符」の片割れを見つけ出すというものだった。現地で調査を始めた二人は、教会に不穏な空気があることを感じとっていた。

セント・ロザリオ教会で、神父の一人が殺された。翌日、マリア像が涙を流し、寄宿学校では学生のマリオがトランス状態で神のお告げを口にする。重ねて起こる「奇跡」の真偽を調査する平賀とロベルト。その頃、学生のカルロスは何かに怯えるように寮の自室で閉じこもっていた。そんな時、再び事件が起き、今度は神父とシスターの二人が殺される。平賀は一連の殺人には共通点があると気づくが・・・・・・。

再び神父が殺された。平賀とロベルトは手がかりを求め、寄宿学校を創設した亡きミハイル・ブラウン司教の部屋へ潜入するが、そこで悪魔崇拝を示す割り符の片割れを見つける。翌日、カルロスが悪魔憑きの状態で突然暴れだす。聖水を手に、意を決して悪魔祓いを試みる平賀とロベルト。やがて、落ち着きを取り戻したカルロスが語ったのは、セント・ロザリオ教会の暗部ともいえる事実だった。

セント・ロザリオ教会で起きた連続殺人事件の真相に近づきつつある平賀とロベルト。ミハイル・ブラウン司教の部屋から持ち出した古代ルーン文字の書物の解読に取りかかったロベルトは、そこにすべての事件に繋がる事実が記されていることを突きとめる。ミハイル・ブラウン司教の正体、そして、半世紀以上も隠されてきたセント・ロザリオ教会の正体とは・・・・・・！？

情報局のローレン・ディルーカは、自室で平賀と「天使と悪魔のゲーム」を楽しみながら、過去に思いを馳せる――。数年前のローレンは、重要人物としてバチカンに拘束されていた。そこでは神父との対話が義務づけられていたが、信仰心を持たないローレンは苦痛を減らすために、自分と知能的に対等と見込んだ平賀を指名する。平賀はローレンに「天使と悪魔のゲーム」で勝負を持ち掛け、少年時代に遭遇した“奇跡”について語り出す・・・・・・。