《ハンドレッド》――人類を襲う謎の異種生命体《サベージ》に対抗しうる唯一の武器。それを扱える人間を《武芸者（スレイヤー）》と呼ぶ。《武芸者（スレイヤー）》を育成する機関のひとつ、海上学園都市艦《リトルガーデン》にひとりの少年がやって来る。少年の名は如月ハヤト。ハヤトは自分のせいで入学式に遅刻した 2人の女子生徒を庇って生徒会長のクレア・ハーヴェイにデュエルを挑まれる。初対面なのに妙に親しげなルームメイトのエミール・クロスフォードと作戦を練って、クレアとのデュエルに臨む。

ハヤトはクレアとのデュエルの最中、ごく一部の少数の武芸者（スレイヤー）しか成しえない《全身武装》を展開するも、クレアも同じく《全身武装》を展開し応戦したため敗北に終わる。クレアは、ハンドレッドを手にしてまだ 2日目のハヤトが《全身武装》を展開できたことが気になり、ハヤトに少数精鋭部隊《セレクションズ》へ加わるよう促す。そのさなか、近海のツヴァイ諸島に《サベージ》が襲来したという知らせが入る。

ツヴァイ諸島にて対サベージの初の実戦を経験することになったハヤト。クレア、リディ、エリカの生徒会メンバーの戦闘力に圧倒されながらも、エミールとともに善戦する。しかし、巨大種・トレンタ級サベージを前に戦況は悪化。ダウンしたリディを守ろうとしたエミールだったが、サベージにヴァリアブルスーツが切り裂かれてしまう。スーツの下には胸のふくらみと古傷が……。

サベージとの実戦を終え、ハヤトは日常を取り戻していた。そんな中、世界的な歌姫・霧島サクラのボディガードという任務が舞い込んでくる。先日のサベージ襲来によって中断されたライブをやりなおすためだ。天真爛漫なサクラに手玉に取られるハヤト。本当にこれが本当に世界的な歌姫なのかと疑問に思っていたハヤトだったが、工事中のライブ会場でハンドレッドを用いたパフォーマンスをサクラに見せつけられ、圧倒されてしまう。

ボディーガード任務の空き時間。ツヴァイ諸島の市街地でふたりの時間を楽しむハヤトとエミリア。そんな楽しい時間もつかの間のこと。ホテルからサクラが姿を消してしまったという連絡がクレアから入る。そうこうしている間に目の前にサクラが現れ、ハヤトはエミリアに事情を説明する間もなく、連行されることになった。向かった先はサクラの思い出の場所、ツヴァイ大峡谷。そこでハヤトは、サクラの過去を知ることに……。

ツヴァイ大峡谷からの帰路。ハヤトとサクラの乗るバスがサベージに襲われた。2人はハンドレッドの能力を使い、これに応戦する。すぐにリトルガーデンの仲間たちも加わり、なんとかサベージを退けようかというところで、突然、3人組の謎のスレイヤーが現れる。彼らの目的とは……？