1998年9月15日。駒木咲代子は日本帝国軍佐渡基地の戦術機部隊に着任する。僚機となる草野に基地を案内される中、この地に生きる人々の暮らしぶりを垣間見、国民に道を示せていないと嘆く…。そして、大規模なBETA群が佐渡島に迫るー

2001年10月22日。白銀武は目覚めると自分の部屋にいた。家を出ると見覚えのある廃墟と荒野が広がっていた。“あの日”に戻ったことを確信した武はある人物の元へ向かう。今度こそ人類を救うために――

2001年10月24日。再び訓練兵となった白銀武は、その体に刻まれた記憶を活かし、自分を知らぬ、かつての友の成長を促した。しかし、そのあまりに遅い歩みは、武の胸を焼く焦りを消すことはできなかった。何かを変えなければ世界は変わらない。白銀武は己の記憶を探り、香月夕呼に予言した。その日、多くの人々が命を落とす――

2001年11月28日。珠瀬壬姫の父親・珠瀬国連事務次官が横浜基地を訪れた。しかし、滅多に会えぬ父を喜ばせるため、壬姫は小さな嘘をしたためた手紙を送ってしまっていた。自己嫌悪に苛まれる壬姫を救うため、白銀武の極秘計画が発動する。