シドニアの騎士　第九惑星戦役

謎の外宇宙生命体・奇居子（ガウナ）によって太陽系を破壊され、わずかに生き残った人類は巨大な恒星間宇宙船シドニアでの旅を余儀なくされた。その出航から、約1000年――。 シドニアの地下で祖父にひっそりと育てられた谷風長道（たにかぜ ながて）は、祖父の死後、食料が尽きたことで地上へ出ると、米泥棒の容疑で逮捕されてしまう。その後、ある理由で保護され、人型巨大装甲・衛人（モリト）の操縦士訓練学校に入学することになるのだが・・・・・・。学校で待ち受けていたのは、初めて交流することになる祖父以外の人間たちだった。一方、時を同じくして、シドニアの前には奇居子が100年ぶりに姿を現そうとしていた。

資源の採掘任務を命じられ、小惑星へ出撃した訓練生たち。任務は簡単なものであるはずだったが・・・・・・突如、採掘地点に奇居子（ガウナ）が出現し、訓練生たちへ攻撃を仕掛けてきた。奇居子への唯一の対抗兵器・カビザシを持たず、為す術のない訓練生たち。艦長は、奇居子を少しでも遠ざけようと、シドニアに搭載された重質量砲の発射を命令する。

シドニアのお祭り、重力祭りが佳境を迎える。赤井班のメンバーと岐神は衛人の模擬戦「重力杯」を勝ち抜き、長道と星白は縁日を楽しんでいた。それぞれが重力祭りを過ごす中、長道の存在が衛人操縦士たちに大きな影響を及ぼしはじめる。ある者は長道の戦闘を参考にし、ある者は長道に嫉妬、そしてある者は長道に惹かれていった。一方、司令部では排擲した奇居子がシドニアに向かっていることが報告される。交戦までの猶予は2日しかなかった。

赤井班に訪れた悲劇は船内に大きな衝撃をもたらした。小林艦長は再び重質量砲による奇居子の排擲を命令するが、奇居子は重質量砲を回避するだけでなく、シドニアに進路を向ける。奇居子との接触を絶対に阻止するという小林艦長が選択したのは、シドニアの斜め加速による回避行動だった。緊急加速は船内の重力制御を失わせ、甚大な被害をもたらすことが予測されていたが、彼女の決意は固く、ついに緊急加速警報が鳴り響く。

奇居子の攻撃によって星白機が大破。星白は辛くも脱出するが、宇宙を漂流することになってしまう。星白を救いたい長道は司令部の命令に背き、これ以上進めば帰還できなくなる帰還臨界線を越えて、一人星白の捜索に向かった。しばらくして星白の脱出ポッドを発見する長道だが、継衛のヘイグス粒子が尽き、2人はともに漂流生活を送ることに。極限状態の中、自分の過去を語り出す長道。2人の距離は徐々に近づいていって・・・・・・。