「橘イツキくん。本日付であなたを生徒会副会長に任命します」時は2027年――「橘イツキ」は、全寮制の進学校「清雅学園（せいががくえん）」に通う高校二年生。ごく普通の生徒として平凡な高校生活を送っていた。二学期が始まって間もない頃、イツキは全校生徒の憧れの的であり、生徒会長の「泉澄リナ」から、突然生徒会の副会長に任命される。副会長としての最初の仕事は、人気オンラインゲーム「ファンタシースターオンライン２」が、学業に及ぼす影響について、調査することであった。イツキは戸惑いながらも「ＰＳＯ２」の世界へと飛び込んでいく。そこで生まれる新たな絆も、物語も、今はまだ、なにも知らずに……。

イツキのクラスに帰国子女の鈴来アイカが転校してくる｡一方､イツキはPSO2のめり込むが､ベテランプレイヤー･SOROに周りを顧みないプレイを注意されてしまう｡ (C)SEGA/PHANTASY STAR PARTNERS

イツキとリナは｢アークスファンフェスタ｣という｢PSO2｣のオフラインイベントに参加｡イツキはオンライン上でしか会うことがなかった仲間と合流し､親睦を深める｡ (C)SEGA/PHANTASY STAR PARTNERS

イツキに興味津々のアイカは必要以上に彼について回る｡学園祭の備品調達に向かうイツキとリナにも同行し､学園内ではイツキとアイカが恋人同士なのではとウワサが広まる｡ (C)SEGA/PHANTASY STAR PARTNERS

学校の成績が下がったイツキは､生徒会の合宿でリナからPSO2禁止を言い渡される｡そして勉強も落ち着きイツキが露天風呂に入っていると､想像もしない侵入者が現れる｡ (C)SEGA/PHANTASY STAR PARTNERS