狡猾で意地悪なリーダー格のアリソンが失踪して1年が過ぎた。同じグループだったアリア、スペンサー、ハンナ、エミリーはすっかり疎遠になっていたが、ある日を境に4人のもとに“A”と名乗る人物からメールが送られてくる。それはアリソンが4人を監視していることを匂わせる内容だった。不気味なメールに混乱し、パニックを起こした4人は再び連絡を取り合うようになるが、それぞれが誰にも知られたくない秘密を抱えていた。“A”からのメールには4人のプライバシーが事細かに記されている。秘密、ウソ、裏切りが交錯し、この美しいローズウッドの町はもはや理想のコミュニティではなくなってしまったらしい。そしてアリソンの遺体が発見されたあとも、脅迫メールはやまない…。

アリソンの失踪当夜をめぐる数々の疑惑が浮上し、4人の苦悩は続く。さらにやっかいなことに、ジェンナが、ここペンシルベニア州ローズウッドに戻ってきた。ジェンナの帰郷をきっかけに忌まわしい過去がよみがえり、4人が結束するきっかけとなった“ある出来事”が蒸し返される。果たして4人は“A”につきまとわれながらも、過去と向き合うことができるのか。そして誘惑も忍び寄る――アリアはエズラを遠ざけようと必死になり、スペンサーは姉の婚約者のレンに言い寄られる。

因果応報――この言葉の意味を誰よりもかみしめている4人は、“アリソンを偲ぶ会”を企画する一方で、決着のつかないプライベートな問題を抱えていた。アリアは父親の愛人メレディスと気まずい鉢合わせ。エミリーはトビーに疑念を抱く。スペンサーはある人物に執着し、ハンナは恋人に昔の自分を忘れてもらおうとする。行く先々で“A”の影がちらつくなか、4人は過去を清算し、前に進むことができるのか。そのころ、ワイルデン刑事はアシュリーとハンナに取り入り、ふたりを利用しようと考えていた。ワイルデンの探している答えはマリン邸にあるのだろうか。

“A”のいやがらせにうんざりした4人は不審な送り主からの電子メールや携帯メールをすべてブロックする。しかし正体不明の亡霊を遠ざけたからといって、トラブルの種が尽きるわけではない。父親の突然の訪問、意中の人からの唐突なプレゼント、余計な助言、迷惑な表彰――それぞれの日常は日増しに波立っていく。4人は本当に“A”をかわし続けることができるのだろうか。

“A”を無視したツケが4人に返ってくる。ひとりは家庭崩壊の危機を迎え、ひとりは身に覚えのない賞賛を受けて親との関係がこじれ、ひとりは恥ずかしい作業服を着て借金を返すために働くことになる。4人は口紅で書かれた“A”からのメッセージに苦しめられ、さらにティーンエイジャーならではの恋の悩みも抱える。恋人候補の出現、試練に立たされた秘密の恋、新たに芽生えたロマンス。そして長年育んできたロマンスは先の見えないグレーゾーンに突入する。

卒業生を迎えて盛大に行われる学園祭に向けて、ローズウッド高校の実行委員はキャンパスの飾りつけに大忙し。女子生徒は“学園祭のクイーン”の座を狙って盛り上がっていたが、4人はそれを遠巻きに見ているだけだった。学園祭の当日、ヒロインのハンナが大胆な行動を起こし、やっかいな状況に陥ってしまう。残る3人は彼女を守り通せるのか、それとも学園祭の夜は忘れられない悪夢と化すのか。