19世紀末、壁によって西側の共和国と東側の王国に分断されたロンドン。王国へ送り込まれた共和国のスパイ・アンジェは、女子高校生を隠れ蓑にスパイ活動を続けていた。ある日、研究者の青年・エリックを共和国へ亡命させる任務を受ける。

まだプリンセスがアンジェ達の仲間になる前の話。アンジェは共和国のスパイ組織・コントロールから、「王国のプリンセスと入れ替わる」任務を与えられる。プリンセスの通う名門校“クイーンズ・メイフェア校”へ編入し、どうにか近づこうと試みるが、新たな事件が発生する…。

敵側である共和国のスパイと手を組んだプリンセス。だが、プリンセスの侍女・ベアトリスは、プリンセスと瓜二つであるアンジェに対してある疑念を抱き、警戒心を強くしていた。

王国がついにケイバーライト制御装置の小型化に成功した。この小型化が普及すれば王国側が世界大戦を起こす可能性もある。事態を重く見た共和国のコントロールは、ドロシーにその試作品の奪取を命じる。その際、ドロシーはLから、プリンセスの動向を見張るよう極秘任務を言い渡される。プリンセスの立場を利用し、無事、研究施設に潜入したアンジェ達だったが、ケイバーライトの研究室はすでにもぬけの殻となっていた。

日本からの外交特使・堀河公とその使節団が条約改正を求めて王国へ訪れた。その一団を出迎えることになったプリンセスだが、裏では藤堂十兵衛という人物による堀河公暗殺の噂が流れていた。コントロールはプリンセスを守るためアンジェ達に同行するよう指令を下す。かくして王室専用列車によるロンドンへの旅路が始まるが、その途中とある少女が忍び込む。いち早く侵入者の存在に気付いたアンジェは、その少女……ちせと対峙する。

ある日、コントロールから別の任務を言い渡されるドロシー。それは、死亡した連絡員の身体に埋め込まれた、王国外務省の暗号表を奪取するというものであった。ロンドン中の死体が集まるモルグへ潜入したドロシーは、既に死体探しを始めていたノルマンディー公の協力者と接触するが、なんとそこにいたのはドロシーの生き別れた父親・ダニーであった。