ケータのクラスに、幼なじみのヒノキが転校してきた。学校を抜け出し、地下遊園地で発生した大量死亡事件の調査に向かうヒノキ。ケータもまた、その事件現場に迷い込んでしまった。ケータは成り行きで、ヒノキとともに調査用ロボット・覚醒人1号に乗り込むことになるが…。

突如現れたベターマン・ラミアは、巨大生物ネブラへと変貌、覚醒人を護るかのように戦った。戦いが終わった後、有限会社アカマツ工業へ連れて行かれたケータは、覚醒人のヘッドダイバーとなることを依頼される。そして、回収されたベターマンのデータを解析する作業が始まった。

デュアルカインドとしての資質を調査するため、ケータはアサミ、ヒノキとともにモーディワープ本部へと向かっていた。しかし、空中の輸送機内部でも、何者かの陰謀がケータたちを襲う。襲い来るのは、機内を占拠したダミー人形たちである。そこへ、またもベターマンが現れた。

検査の結果、ヘッドダイバーとなったものの、ケータは普通の日常に戻っていた。だが、モーディワープ本部から帰ってきて以来、ヒノキがなぜか素っ気ない。放課後の校舎内で、そんなヒノキに、ガスバーナーを持ったマスク姿の男が襲いかかる。ケータは必死に駆けつけるのだが…。

モーディワープ・フランス支部から帰国したヤナギ、カエデとともに、ボトム・ザ・ワールドの再調査が開始された。だが、ケータとカエデが乗る覚醒人が地下深くへ呑み込まれてしまう。その後を追ったヤナギとヒノキのフランス製ニューロノイド・ティランに、覚醒人が襲いかかる。

すべての元凶たる事件が起こったアジャンター石窟を再調査するため、ケータたちはインドへやってきた。しかし、先行していたモーディワープの調査隊はすでに行方不明だ。石窟へと脚を踏み入れたケータたちを襲う、悲しい幻覚の数々。そして、巨大な怪生物ベヘモットが現れた！