ジェナス・ディラは厳しい養成所の訓練を乗り越え、同期のラグナ・セラとともに、人類のヒーロー「アムドライバー」としてキャンプリトルウィングに配属された。先輩アムドライバーへの挨拶もそこそこに、キャンプに鳴り響くバグシーン襲来警報。使命感と希望に燃え実戦デビューを迎えるジェナスであるがそこには厳しい現実が待ち受けていた…

ジェナスとラグナは人気、実力No.1アムドライバーであるシーンユニットと共に出撃することになる。初出撃の汚名を挽回しようと張り切る二人に対し、助け船をだすかのように様々なアドバイスを与えるシーン。しかし、それは新人アムドライバーへ手荒い歓迎を与えようというシーンの策略であった…

「目立つために戦う」というアムドライバーのあり方に反発し、ユニットから離れ単独行動するジェナス。ちょうどそんな時、セラも同じような疑問を抱き、パフ達と別れて出撃していた。即席コンビとしてバグシーンの襲撃を退けるジェナスとセラ。しかし、そんな二人の前にいままでよりずっと強力な大型のバグシーンが現れる。

徐々にその実力を発揮し始めるジェナス。ラグナはそんなジェナスをみて焦りを感じ、ベテラン・アムドライバーであるダーク＆タフトと共に出撃する。一方、ジェナスはバグシーンを追って偶然迷い込んだ森の中で、謎の美少女に遭遇する。その名はシャシャ…

ジェナ・ラグコンビにアレンから作戦司令が。それはなんとシーンユニットとの共同作戦であった。複雑な気持ちのまま、呉越同舟でバグシーン迎撃ポイントであるゴーストタウンに向かうジェナス達。そんな彼らの前にアムドライバーを目の敵にする二人の少女が現れる…

油断と過信からかボーダタックを失敗してピンチに陥るジェナスは先輩アムドライバー：ダークユニットに窮地を救われる。一方、シーン達のバイザーは羨ましくて仕方のないラグナはプロトタイプの「ボードバイザー」で強引に出撃してしまう…