亡念のザムド

油泥海に囲まれた小さな島、尖端島。70年前の戦争で、南大陸自由圏の属国となったこの島で、高校生のアキユキは母親と二人暮らし。別居中の父親は、町の小さな診療所を一人で営んでいる。二人の間を取り持つために、毎朝欠かさず、母親の手弁当を父親の元へ届けるアキユキ。この日も、いつも通りの朝を迎えたはずだったが……。通学途中、友人のハルやフルイチと共に、ある事件に巻き込まれてしまう。

通学用のバスが爆破され、右腕に光る物質を宿したアキユキは、ザムドと呼ばれる異形の怪物となってしまった。謎の言葉を残し、意識を失った白髪の少女。 アキユキザムドは我を忘れ、暴走する。同じ頃、北政府の軍艦が尖端島領空に侵攻し、ヒトガタ兵器を産み落とした。アキユキという自我を失ったザムドは、ヒトガタ兵器に襲い掛かられ、戦いが始まった。

ナキアミの介抱によって、目覚めたアキユキ。そこは、尖端島から遠く離れた空の上、国際郵便船ザンバニ号の中だった。ナキアミはザムドの力を制御できるようになるまで、船に留まれと言うが、アキユキは自らの身に起きたことを理解できず、尖端島に戻ることを望む。そんなアキユキは、女船長の紅皮伊舟の所を訪れる。アキユキの礼を欠いた態度に、拳を振り上げる伊舟。二人の間が険悪になったその時、一体の飛行ヒトガタ兵器が襲い来る。

アキユキのザムド訓練が開始される。ナキアミに案内され、天心様と呼ばれる老婆と面会するアキユキ。「ザムドは何を求めるか」天心様の問いかけに、アキユキは答えを持たずに戸惑う。アキユキがザムド訓練を受けている頃、ザンバニ号に一艘の船が接近する。それは、ナキアミの昔馴染み、ゼーゲンドォという男の乗る船だった。ナキアミはゼーゲンドォとの再会を望むが、伊舟は頑なに聞き入れようとしない。二人は、ついに口論となってしまい……。

伊舟と仲違いしたまま、昔馴染みのゼーゲンドォに会いに行くナキアミ。ザンバニ号に残されたアキユキは、伊舟からナキアミの話を聞く。ナキアミの出自、そして伊舟との出会い……。伊舟は、ナキアミが自分の元を離れ、故郷へ帰ってしまうのではないかと心配していた。一方、アキユキの故郷尖端島では、ハルとフルイチが町の復興作業に勤しんでいた。そんな二人の前に、同級の設楽という女生徒が現れ、寂しさを吐き出す。

ビートカヤックで哨戒飛行をしていたナキアミが、北政府の空爆に遭って間もない被災地で、一体のヒトガタ兵器を発見する。その石化を止めようとして、自らも石に呑まれそうになるナキアミ。アキユキは腕をザムド化させてヒトガタを倒そうとするが、それをナキアミは拒むのだった。その頃、極東自治区の実験体ザムドが目覚め、暴走してしまう。阻止を命じられたのは、ASPスーツの新人パイロット達だった。