悪の組織ヒドラが遺伝子操作で特殊な戦士を創り出しているという情報を得るアイアンマン／トニー・スターク。その情報元は、裏切り者として囚われている兄と姉の救出をトニーに依頼すべく脱走してきたヒドラの少年戦士・マコトだった。極悪非道な計画を阻止し、少年戦士たちを救うべく、トニーはアベンジャーズのメンバーとともに敵地へと向かう。立ちはだかる強大なヒドラ軍。ヒーロー対ヴィランの激しい戦いが今、始まる！

圧倒的な力でヒドラ軍を追撃していくアベンジャーズ！だが、首領レッド・スカルの未知の科学技術からなるアーマーが繰り出す強力な攻撃の前にキャプテン・アメリカ、ソー、そしてハルクはねじ伏せられてしまう。絶望的ながらもワスプが抵抗する中、アイアンマンは戦線を離脱。マコトとともにヒドラ基地の中枢へと潜入し、レッド・スカルのアーマーを制御するシステムを破壊しにいくのだが・・・。

捕えられたレッド・スカルのラフト重犯罪刑務所への移送の護衛に就いたアベンジャーズ。その際、アイアンマンはヒドラ島でのマコトの「覚醒」についてレッド・スカルを問い正すが、突然護送車が何者かに狙撃されてしまう。ハルクたちが事態を収拾しようとする中、アイアンマンは弾道を分析し狙撃手の居場所を割り出した。そこで出会った狙撃手の正体とは！？

アベンジャーズへの弟子入りを認められたマコト、アディ、クロエ。しかし、勉強ばかりさせられたり、作ってもらう約束だったヒーローコスチュームをなかなかもらえなかったりでヘソを曲げたマコトは三人揃っての家出を実行する。一方、マコトたちが抜け出したアベンジャーズ・タワーが突然、謎のヴィランに攻撃される。アイアンマンとハルクが迎え撃つが、敵の猛攻に圧倒されてしまう。その様子を遠くから見つめるマコトは・・・。

ソーとともに地球最後の秘境都市クン・ルンに向かうマコト、アディ、クロエ。３人が武術の達人アイアンフィストによる修行に励む中、ソーは寺院の長老たちに不穏な予言について聞かされる。アイアンフィストの特訓により着実に強くなっていくマコトたちだが、長老たちが恐れていた通り、突然クン・ルンは強大な敵に襲われる。その背後に見え隠れするのはソーの永年の宿敵・・・。

アイアンマンのような自分専用のアーマーを作ってくれとトニーにねだるマコト。あっさり却下され、ふて腐れるマコトにワスプはトニーの過去を語る。今明かされるアイアンマンの誕生秘話。トニーの秘密を知ったアディは自分がヒドラの戦士として悪事を重ねた頃を思い出し、自分にヒーローになる資格はないのではと疑問を抱く。そんな時、正体不明の敵が街を襲撃、名指しでトニーに宣戦布告する！