大学生の久能整（菅田将暉）は、朝から自宅アパートでカレーを作っていた。そこにアパートの大家が大隣警察署の刑事、薮鑑造（遠藤憲一）と池本優人（尾上松也）を連れて現れる。昨夜10時の行動を薮に問われた整は1人でカレーを作っていたと答えた。すると薮は付近の公園で寒河江健（藤枝喜輝）の遺体が発見されたことを整に伝え、警察署へ任意同行を求めた。 整は薮、そして青砥成昭（筒井道隆）の聴取を受ける。公園で殺害された寒河江は整と同じ高校の出身で同じ大学に通っていた上、寒河江が殺害された時刻に整と争っているのを見た目撃者もいるため、整は容疑者となっていたのだ。だが、薮たちの追求に整は淡々と無実を訴える。目撃情報もはっきりと自分だと言えるのかと理屈を並べて返して行く。 夜、刑事の風呂光聖子（伊藤沙莉）に預けていた携帯電話を返してもらいに行った整は、彼女がペットロスであることを知る。また、池本が間もなく父親になるという話も整の耳に入った。 翌日、整が警察署に行くと、薮から指紋を採るよう命じられた風呂光と池本が取調室にいる。整は風呂光のペットロスを言葉で癒し、池本にも間もなく出産を迎える妻への労りをアドバイスした。薮はそんな整が犯人に違いないと青砥に告げる。 取調べ3日目、整は署内での立ち位置に悩む風呂光に希望を与えた。そこに藪が来て、寒河江を殺害した凶器が見つかり整の指紋が検出されたと伝える。

美術館に行くため久能整（菅田将暉）が乗った路線バスがジャックされた。乗客に名前を尋ねる犯人に、整は逆にバスジャックの目的と名前を聞く。すると犯人は犬堂オトヤ（阿部亮平）と名乗るが、目的はそのうちわかると教えなかった。 その頃、大隣警察署には連続殺人事件の捜査本部が立っていた。朝には新たに4体目の遺体が発見されている。被害者に共通点はなく、容疑者の目星すらつかない状態だ。青砥成昭（筒井道隆）や池本優人（尾上松也）らが忙しく動く中、風呂光聖子（伊藤沙莉）は捜査に加わらせてもらえない。そんな時、風呂光は後輩警官からバスジャックの通報があったと報された。だが、付近の路線バスや観光バスは問題なく運行している。風呂光は青砥たちに話すが、ただのイタズラだと一蹴されてしまった。 整の乗ったバスは公園に停まり、オトヤは乗客たちを1人ずつトイレに行かせる。真っ先にトイレに向かわされた整は外部に連絡する方法を考える。出がけ前に池本から連絡先を知らされていた整はメモ用紙に現状を書いて、犯人に見つからなさそうな場所に置いた。 再びバスが走り出すと、整がオトヤを理詰めにして怒らせてしまう。逆上したオトヤはナイフで切りかかるが、乗客の熊田翔（永山瑛太）が整をかばった。さらに、乗客の坂本正雄（久保田悠来）がオトヤを殴り倒す。乗客たちは安堵するが、坂本は落ちたナイフを乗客たちに向け・・・。その後、バスは犯人の指示で、ある屋敷にたどり着く。

久能整（菅田将暉）たちが監禁された犬堂邸に、いち早く気づいた風呂光聖子（伊藤沙莉）と青砥成昭（筒井道隆）、池本優人（尾上松也）たち大隣警察署・強行犯一係が急ぐ。その頃、邸内では犯人に促された乗客たちによる“これまでに自分が犯した一番重い罪”の告白が続いていた。露木リラ（ヒコロヒー）、柏めぐみ（佐津川愛美）、淡路一平（森永悠希）の次に話したのは、奈良崎幸仁（金田明夫）。部下に自殺された奈良崎は、遺族から自分のせいだと突きつけられて悩んでいる。話を聞いた整はリラたち同様、言葉で奈良崎の心を癒してゆく。 奈良崎の話が終わると、犬堂ガロ（久保田悠来）、オトヤ（阿部亮平）犯人兄弟ではなく、乗客の1人、熊田翔（永山瑛太）が運転手の煙草森誠（森下能幸）にも告白するよう指名した。驚く煙草森だが、幼い頃、親が飼っていた金魚をうっかり死なせてしまい思わず隠してしまったと話す。そんな時に、SATを先頭にした風呂光たちが飛び込んで来た。 警官隊の突入に、犯人は抵抗するものと思われたが、ガロとオトヤは素直にバスジャックを認めた。警察は連続殺人事件の最初の被害者の遺族だと分かったからここに来たのだろうとガロが告げると、整はこの中に連続殺人犯がいると後に続いた。整は今まで観察して来た乗客たちの行動から、連続殺人事件の犯人が誰なのかの特定を始める。しかしその前に、整はバスジャック犯の犬堂兄弟について話し出した。ガロは家に飾られた絵を自分が描いたと言ったが、整は彼が本物のガロではないと言い出した。

久能整（菅田将暉）がカレー作りを楽しんでいると、スマホに風呂光聖子（伊藤沙莉）から着信。イヤな予感を覚えながらも応答した整に、風呂光は案の定、事件の謎解明を手助けしてほしいという。それは、闇サイトにアップされた爆破予告場所の特定だ。予告にはアルファベットの暗号文が付記されているが警察官たちは解明出来ない。昨日は品川に仕掛けたとアップされたが、幸い予告に書かれてたビルが特定されたため爆弾が発見されて未遂に終わる。だが、再度予告があり、今回は大隣署管内に仕掛けられたため、池本優人（尾上松也）が整に協力を求めようと風呂光を向かわせたのだ。 風呂光の迎えで、整はまたしても取調室へ。民間人への捜査協力は青砥成昭（筒井道隆）たちに知られるわけにはいかないからだ。整は昨日の暗号文の謎を解く。そんな時、二つ目の爆弾が発見されたと知らせが入る。整は風呂光に暗号解読力を褒められるが、何かが引っかかる。そんな中、闇サイトへの投稿アドレスから容疑者が割り出され、被疑者が取調べを受けるが犯行を否定。池本と風呂光は容疑者を、ほぼ黒だと確信するが、青砥はアドレスが簡単に特定出来たため、ぬれぎぬではないかと疑う。 次の日、青砥の懸念通りに3度目の予告がアップされた。そんなことを知らない整は雨の中を食事に出かける。すると、見知らぬ男（柄本佑）に声をかけられた。しばらく会話を交わした整は、男が記憶を失っていることに気づく。

爆弾魔事件で頭を打った久能整（菅田将暉）。外傷もなく、整も何ともないのだが、念のため大隣総合病院で検査入院をすることになってしまった。事情を知った池本優人（尾上松也）は青砥成昭（筒井道隆）に整は警察に協力したためなので入院費ぐらいこちらで持っても良いのではないかと進言。青砥が許可すると、風呂光聖子（伊藤沙莉）が手続のため病院に向かう。 売店で買い物をした整が病室に戻ると宛名と依頼主が自分の名前という小荷物が届いていた。身に覚えのない箱を開けると、中にはドライフラワーと手紙が入っている。手紙の文章から整は犬堂我路（永山瑛太）からのものだと気づき、また良からぬものが入っているのではと警戒しながら箱を改めると何かが落ちた。そこへ、整が探していると風呂光が来た。整が拾い上げた指輪に風呂光は動揺し、手続の用紙を渡してすぐに帰ってしまった。 その夜、整が寝ようとすると隣のベッドの老人から声をかけられる。老人は牛田悟郎（小日向文世）と名乗り、定年退職した刑事だと言う。そして、牛田は相棒の刑事、霜鳥信次（相島一之）と担当した事件を話し出した。牛田は事件の解決までは話さず、整に問題として謎を解かせる。嫌々ながらも整は2問目までを見事に正解した。 3問目は22年前に売春する女性が次々に殺害された未解決事件に関するもの。当時容疑者は羽喰玄斗と特定されるが逮捕には至らない。そんな時、羽喰に狙われているという女性から保護を求める連絡が警察に入った。牛田は霜鳥と女性に指定された場所へ向かうのだが・・・。

大隣総合病院に検査入院している久能整（菅田将暉）は、退院を翌日に控えた夜、病院の掲示板に秘められた暗号に導かれて院内にある温室へ。そこで整は『自省録』のページや行を組み合わせた数字で言葉を伝えるライカ（門脇麦）と出会った。ライカは数字で、翌日午後3時に再び温室に来るよう整に指示して姿を消す。 翌日、退院手続きを済ませた整は、ライカが指定した時間まで昼飯を食べようと病院のレストランへ。すると、患者の下戸陸太（岡山天音）とぶつかってしまう。整は謝るのだが、陸太は難癖をつけて許さない。だが、冷静に理詰めで返す整に陸太は辟易して去った。 3時になり、整が温室へ行くと床に数字が書かれている。『自省録』で確認すると、ある場所の土の中となっていた。整がそこを掘ると、何かが入ったビニール袋が出てくる。その時、整を静止する女性の悲鳴が。温室を管理する梅津真波（阿南敦子）だ。ビニール袋は、事情があって真波が埋めたものだった。真波から事情を聞いて、整は悩みを解決する。真波と別れた整は、桜の幹にピンで止められた封筒を発見。中を見ろというライカの数字に整が開封すると、落書きが描かれた塀の写真が入っていた。落書きは炎を象ったようなマークに見える。写真の裏には住所が記されていた。 整が写真に書かれた住所に行くと、一軒家が全焼したようだ。整は消防官や警官、野次馬の中に陸太を見つけた。整に見られていると知った陸太は話をしていた井原香音人（早乙女太一）と姿を消した。すると、いつの間にか整の隣にライカがいて・・・。