「私は……、臭いに敏感なほうでね……。」突然の衝撃に抵抗できない蓉子。ニヤッと微笑み耳元に顔を近づける将校。背中に冷たい感覚を覚える蓉子。ナイフ……。諜報員。任務遂行。交差する密室劇。ここは夜行列車の世界。

「ぼくだけを愛して欲しいのに・・・・・・。ぼくだけを・・・・・・。」初美を探す旅に出た葉月。そこは本の中に存在する世界…。その本を管理する図書館。管理者の名は、リリス。リリスとの出会い。リリスが語る初美の存在。イブ……！？……そして、物語はまた別の世界へと。リツコという少女。ガルという少年。そして、不思議な力を使うジルという少女。生と死。憧れ。嫉妬・・・・・・。刻のイタズラが紡ぐ悲しい結末。……結末。いや、それは始まり……。ここは、錬金術の栄えし世界。

「ミルカのこと、いじめる？」南海の孤島。そこに住む少女・ミルカ。外界から閉ざされたその島を訪れた葉月たち。ミルカとともに住むセイレン。セイレンが、リリスを見つめる意味。突然の出来事。天変地異……。静寂は打ち破られる。地面は裂け、空は歪む。ペリペリ……？その現象を少女はそう呼んだ。“ペリペリ”とは一体……。