静岡県沼津市の海辺の町、内浦にある「私立浦の星女学院」。そこに通う2年生の高海千歌は、クラスメイトの渡辺 曜と訪れた東京の地で、スクールアイドル「μ’s」の存在を知り、衝撃を受ける。私も輝きたい――そう強く感じた千歌は、早速スクールアイドル部の設立を目指して部員集めをスタートする。部員集めも上手くいかず、生徒会長の黒澤ダイヤにも反対されるなど、前途多難な中、悩む千歌の前に突然の奇跡が訪れる――。

音ノ木坂学院からの転校生・桜内梨子をスクールアイドルに誘うも、すげなく断られてしまった千歌。スクールアイドル部に正式入部した曜とともに、ダンスの練習や衣装のアイデア出しなど、スクールアイドルになるための準備を着々と進めつつ、あきらめずに何度も梨子へのスカウトを繰り返す。そんなある日、梨子の口から内浦へと転校してきた理由が語られる。梨子が抱える悩みを知った千歌は、ある提案をするのだった――。

作曲ができるメンバーも加入し、いよいよ本格的な活動に乗り出そうとする3人の前に、学院の新理事長である小原鞠莉が襲来する。3人を応援しに来たという鞠莉が提示した、人数が足りないスクールアイドル部を部として承認する条件――それは、デビューライブで学院の講堂を満員にすること。学院の生徒を全員集めても達成できない厳しい条件に、思いつく限りのあらゆる手段を尽くして挑む3人。がむしゃらに走り始めた3人のデビューライブの行方は果たして――。

やっとの思いで正式な部としての活動を認められた千歌たち。部室もゲットして心機一転、1年生の黒澤ルビィと国木田花丸の2人を、改めてスクールアイドル部へとスカウトする。ルビィは、スクールアイドルへの強い憧れと興味を抱きつつも、スクールアイドルを嫌う姉、ダイヤのことを想い、踏み出せずにいた。そんなルビィといつも一緒にいた花丸は、ルビィに自分の本当の気持ちに気付いてもらうため、思い切った行動に出る――。

スクールアイドルとしての活動を始めたものの、なかなかランキングが上がらず、何かもっと目立つようなことをして人気を集めなければいけないのかも、と悩む千歌たち。そんな中、入学初日以来学校に来ていなかった1年生の津島善子が学校に姿を見せる。幼馴染の花丸から、自己紹介の時の自分の醜態を誰も気にしていないと教えられた善子。普通の高校生になるラストチャンスだと意気込み、花丸に、自分が“堕天使ヨハネ”にならないよう監視してほしいとお願いするが――。

千歌たちの通う私立浦の星女学院が、沼津の高校と統廃合されてしまうというニュースが飛び込み、不安に落ち込むメンバーたち。そんなメンバーをよそに、音乃木坂と、μ'sと同じ学校のピンチとはりきる千歌は、自分たちが学校を救うのだと早速行動に移す。まずは、自分たちの住む内浦の魅力をアピールするため、試行錯誤を繰り返してPVを作るも、映像を見た鞠莉から酷評をされてしまう。そして千歌たちは、鞠莉の言う“この町や学校の魅力”をもう一度探し始めるのだった――。