静岡県沼津市の海辺の町、内浦にある「私立浦の星女学院」。そこに通う2年生の高海千歌は、クラスメイトの渡辺 曜と訪れた東京の地で、スクールアイドル「μ’s」の存在を知り、衝撃を受ける。私も輝きたい――そう強く感じた千歌は、早速スクールアイドル部の設立を目指して部員集めをスタートする。部員集めも上手くいかず、生徒会長の黒澤ダイヤにも反対されるなど、前途多難な中、悩む千歌の前に突然の奇跡が訪れる――。

音ノ木坂学院からの転校生・桜内梨子をスクールアイドルに誘うも、すげなく断られてしまった千歌。スクールアイドル部に正式入部した曜とともに、ダンスの練習や衣装のアイデア出しなど、スクールアイドルになるための準備を着々と進めつつ、あきらめずに何度も梨子へのスカウトを繰り返す。そんなある日、梨子の口から内浦へと転校してきた理由が語られる。梨子が抱える悩みを知った千歌は、ある提案をするのだった――。

作曲ができるメンバーも加入し、いよいよ本格的な活動に乗り出そうとする3人の前に、学院の新理事長である小原鞠莉が襲来する。3人を応援しに来たという鞠莉が提示した、人数が足りないスクールアイドル部を部として承認する条件――それは、デビューライブで学院の講堂を満員にすること。学院の生徒を全員集めても達成できない厳しい条件に、思いつく限りのあらゆる手段を尽くして挑む3人。がむしゃらに走り始めた3人のデビューライブの行方は果たして――。

やっとの思いで正式な部としての活動を認められた千歌たち。部室もゲットして心機一転、1年生の黒澤ルビィと国木田花丸の2人を、改めてスクールアイドル部へとスカウトする。ルビィは、スクールアイドルへの強い憧れと興味を抱きつつも、スクールアイドルを嫌う姉、ダイヤのことを想い、踏み出せずにいた。そんなルビィといつも一緒にいた花丸は、ルビィに自分の本当の気持ちに気付いてもらうため、思い切った行動に出る――。

千歌たちの通う私立浦の星女学院が、沼津の高校と統廃合されてしまうというニュースが飛び込み、不安に落ち込むメンバーたち。そんなメンバーをよそに、音乃木坂と、μ'sと同じ学校のピンチとはりきる千歌は、自分たちが学校を救うのだと早速行動に移す。まずは、自分たちの住む内浦の魅力をアピールするため、試行錯誤を繰り返してPVを作るも、映像を見た鞠莉から酷評をされてしまう。そして千歌たちは、鞠莉の言う“この町や学校の魅力”をもう一度探し始めるのだった――。