ボリスとナターシャがブルウィンクルからパイレシピを盗もうと再び作戦を練っていたころ、ブルウィンクルは親友のロッキーが極度のあがり症だと知り、コンテスト前になんとか克服する方法を探すことに。 一方、スーパースパイのボリスとナターシャを追っていたひみつの機関S.H.Hは、偶然にもスーパースパイ達をやっつけるロッキーとブルウィンクルの正体は 一体何者なのかと疑いを抱き、彼らの監視を始める。

ひみつの機関S.H.Hのピーチファズ長官はロッキーとブルウィンクルの力を借りてフィアレス・リーダーの隠れ家への侵入を試みる。一方そのころボリスとナターシャは度重なる失敗のため、クビになり、手下ロボットに仕事を取られてしまう。

フィアレス・リーダーに洗脳されてしまったブルウィンクル！ロッキーはピーチファズ長官と協力して、フィアレス・リーダーの世界征服の野望を止められるのか。