腐食していく街。正体不明の剣士と怪人との戦い。そして消える少女。必死に手を伸ばす幼き日の自分。手には不思議な本――小説家の神山飛羽真は15年前から同じ夢を見ている。成長した自分の手には夢に出てきた赤い本がある。ただの夢とは思えない不思議な夢。何か大事なものを失くしているのではないかという喪失感。そんな中、飛羽真は異変に巻き込まれる。その異変の中で、聖剣と出会い運命が大きく動き出す。

聖剣･火炎剣烈火を手にし、異変から街を救った飛羽真だったが、剣と本、不思議な世界など謎が深まるばかりだった。そんな飛羽真の前に現れたのは、古より“力を持つ本”(ワンダーライドブック) を守ってきた組織･ソード･オブ･ロゴスの剣士･新堂倫太郎だった。彼に導かれて訪れた組織の本部･ノーザンベースで飛羽真は驚くべき事実を知る。

ライオンに乗った青年の次に現れたのは空飛ぶ絨毯に乗った青年だった。飛羽真に親しげに話しかけるその青年の名は富加宮 (ふかみや) 賢人。賢人は飛羽真の幼なじみだった。飛羽真が見る夢、15年前の出来事の何かを知っているのか…。さらに異変に駆けつけた飛羽真と倫太郎の前に新たな剣士が現れる。大剣を担ぎ豪快にメギドを一刀両断する土の剣士･仮面ライダーバスターこと尾上亮。尾上はなんと子連れ剣士だった。

メギドを倒したにも関わらず異変が元に戻らない。息子のそらを心配する尾上に飛羽真が「そら君を必ず助ける」と約束する。しかし、その言葉が逆に尾上の逆鱗に触れる。「お前に、俺の! 親の気持ちがわかるのか!」それでも、絶対に約束は守ります、と言い残し出て行く飛羽真。イライラがおさまらない尾上に賢人があることを告げる。メギドの謎、そして人々はどこへ消えたのか。必死に考えを巡らせる飛羽真と倫太郎。一方、責任を感じている芽衣はとんでもない行動に出る。