5年前、謎の流行病で滅びた大塚村。その生き残り、犬塚信乃、犬川荘介、浜路は村はずれの教会に引き取られて暮らしていた。村の人々からはうとまれている三人だが村の少年・健太は荘介を慕っていた。教会裏の森で信乃を見かけたと言う健太に、荘介は森には入らないよう注意する。そんなある日、信乃と荘介のもとに、帝国教会本部から召喚状が届く。一方、森で村の男達が行方不明になる事件が起きて…。