京都市内の竹林で看護師･村井秀美 (中村彩実) が死体で見つかった。現場から凶器の鑿 (のみ) が発見され、指紋から傷害で前科のある男･三宅悠輔 (大熊ひろたか) が捜査線上に浮かんだ。事件直後、現場から走り去っていく悠輔の姿を見たという目撃証言もあった。京都府警捜査一課長の錦織玲子 (高畑淳子) と一課長付特別班の刑事･木内光義 (中村俊介) は、悠輔の母で助産師でもある三宅悠里子 (市原悦子) の自宅の張り込みを開始する。悠輔は必ず母親のもとに現れるとにらんだのだ。ところが、2人が遠方から見張っていると、突然、たっぷり太った警官が悠里子の家の前まで全速力で疾走してきて、不意に中に入っていったからビックリ!

京都市内で、弁護士･青木千賀子 (中村高華) の絞殺体が見つかった。千賀子は、同じく弁護士の夫･誠一 (羽場裕一) と共に、法曹界では“おしどり夫婦弁護士”として知られる存在だった。捜査一課一係長･鬼久保巌 (石丸謙二郎) らが邪魔者扱いするのにもかまわず、張り切って臨場した“捜査一課長付き特別班”の刑事･花沢太郎 (石塚英彦) は、遺体の着衣の襟に藁の切れ端が付着していることに気付く。さらに、被害者の靴底に京野菜のみぶなの葉が付いていることも分かった。みぶなの葉に注目した花沢は、同僚の木内光義 (中村俊介) と共に、京野菜を扱う店へ。

京都市内で若い女性ばかりを狙った暴行殺人事件が連続発生、最初の事件から2カ月が経過しても犯人の手がかりすらつかむことができない京都府警への批判が高まっていた。京都府警初の女性捜査一課長である錦織玲子 (高畑淳子) は、人気ニュースキャスターの三田村薫 (東ちづる) から番組で厳しく非難されてしまう。そんな中、また同一犯による暴行殺人事件が発生。現場に残された足跡から犯人が着用しているスニーカーの種類が判明したものの、玲子は上層部から1日も早く事件を解決しないとクビだと言い渡されてしまった。上司の窮地を知った花沢太郎 (石塚英彦) は聞き込みに全力投球! その姿を見て、以前、花沢が捕まえた元下着窃盗犯･梨田 (加藤歩) が町の張り込みを申し出てくれた。

京都府警“捜査一課長付”特別班刑事･権田千夏 (星野真里) の母校の大学教授･城島誠 (酒井高陽) が、研究室で後頭部を殴られて殺されているのが見つかった。被害者は心理学科の主任教授で、千夏もまた心理学科の卒業生だった。キャビネットが荒らされ、パソコンのデータも壊されていたため、捜査一課一係長の鬼久保厳 (石丸謙二郎) は交友関係と防犯カメラの映像を調べれば、すぐに犯人をあぶり出せるとにらむ。被害者には、ギャンブル好きで金に困っていたというウワサがあるほか、女性関係のトラブルも多く、恨みを持つ人物も多いと思われた。

ある朝、出勤途中の京都府警捜査一課長･錦織玲子 (高畑淳子) は、ビルの屋上に女子高生が立っているのを発見。三上晶 (小池里奈) というその女子高生は、慌てる玲子に「今からある場所に行ってほしい」と頼み、「そこで何かが起きる。行ってくれたら飛び降りるのをやめる」と持ちかける。連絡を受けた“捜査一課長付特別班”の刑事･花沢太郎 (石塚英彦) と木内光義 (中村俊介) が急いで晶の指定した場所に向かうと、そこはホームレスたちが暮らす一帯だった。近所の交番警官に聞いたところ、先週、女子高生から「ホームレスが高校生にいたずらされている」と通報があったが、窃盗事件の捜査に翻弄され、対処できなかったという。その女子高生こそ、晶に違いない。

詐欺と恐喝の常習犯･金子安雄 (杉山幸晴) が、アパートの自室で刺殺された。現場に残された指紋から、同じ刑務所に服役していた工場アルバイト･小畑八郎 (ミッキー･カーチス) という男が浮かぶ。容疑者の写真を見た“捜査一課長付特別班”の刑事･花沢太郎 (石塚英彦) は、ビックリ! 実は前夜、とある学習塾の前で、小畑が自転車泥棒と間違われたところに遭遇したのだ…! だが、小畑はただ、同級生にイタズラされた生徒の自転車を見つけ、直してあげていただけだった。花沢は、殺された金子と小畑が言い争いをしていたという中華料理店で聞き込み、金子がテレビを見て「金のなる木」という言葉を口にしていたことをつかむ。金子は誰かを脅していたのだろうか…!?