1500年代初頭の戦国期、鹿島神宮の神官の家に生まれ、幼いときから鹿島中古流の剣を学んだ塚原新右衛門（堺雅人）は、17歳で回国修行の旅に出る。お供の左門（平岳大）が止めるのも聞かず、盗賊退治で初めて実戦を経験した後、小田原へ。そこで戦国の覇者・伊勢宗瑞（中尾彬）の御前試合に臨み、難敵・牧元鬼（ジャッキー・ウ―）と真剣勝負を行い、牧を倒す。新右衛門は、小田原で宗瑞の家臣に剣を指導した後、京を目指す。

新右衛門（堺雅人）は、左門（平岳大）とともに京に上り、管領代・大内義興（吉見一豊）の家老・平賀丹後守（風間杜夫）の娘・鹿乃（京野ことみ）を助けた縁で、大内家の食客となる。将軍・足利義尹（本田博太郎）の御前試合で、大内義興の政敵である管領・細川高国（安田顕）が抱える海内無双の剣士・大野秀孝（鈴木豊）を倒し、新右衛門の名声が高まる。しかし新右衛門は、大内義興と細川高国の争いに巻き込まれてゆく。

新右衛門（堺雅人）が、御前試合で倒した大野秀孝の弟子に襲われる。鹿乃（京野ことみ）は、新右衛門が真剣勝負を続ければ、負けた側の恨みを買い、命を狙われると心配する。将軍・義尹（本田博太郎）が襲われた。新右衛門は、丹後守（風間杜夫）から、刺客の円珍（辻本一樹）討伐を依頼される。鹿乃は、新右衛門が大内家のために危険な目に遭うのを案じる。新右衛門は、円珍の意表をついた攻撃でけがを負うが、かろうじて倒す。

船岡山の戦いで大内軍に加わって戦功を上げ、将軍・義尹（本田博太郎）から賞せられた新右衛門（堺雅人）は、細川高国（安田顕）のたくらみで再び御前試合を行う羽目になる。相手は両端に刃の付いたなぎなたを巧みに繰る南永（ダンテ・カーヴァー）。新右衛門は死の恐怖にとらわれる。鹿乃（京野ことみ）は、新右衛門が死ぬようなことがあれば自分も死ぬという。とっさの動きで南永を倒すが、新右衛門の手から血の臭いが消えない。

新右衛門（堺雅人）は、奥津源三郎（榎木孝明）がかつて無双の剣豪だったと知り、手合わせを願う。しかし奥津は、「もう剣は捨てた」と取り合わない。剣客が立て続けに斬殺され、奥津が犯人と分かる。新右衛門を挑発するため、奥津が仕組んだのだ。奥津を許せない新右衛門が挑むが、奥津は圧倒的に強い。偶然に新右衛門が勝ちを拾うが、奥津は「人の血に染まった身は、無明の闇に沈む。お前も同じ」と言い残して死んでゆく。

新右衛門（堺雅人）は、これまで倒してきた者たちの亡霊に悩まされる。心は死の恐怖にとらわれ、神から遠ざかっているのを感じる。家族のように親密だった鹿乃（京野ことみ）や平賀丹後守（風間杜夫）と別れ、鹿島に帰る決意をする。鹿島では、人々が新右衛門の帰りを待ちわびていた。しかし、新右衛門は鹿島神宮に1000日間にわたって籠もる新たな厳しい修業に。満願の日、鹿島の祖神より「一つの太刀」の啓示を受ける。