小さな頃から、妖怪といわれるものの類を見ることができ、そのため周囲から疎まれてきた夏目貴志。ある日、妖から追われ逃げ込んだ神社で、招き猫の姿をした妖に出会う。斑という名のその妖から、妖たちは夏目を祖母のレイコと勘違いしていること、名前を返してもらいたがっていることを聞く。レイコの遺品の中にあった「友人帳」という名の綴り、それは、夏目と同じように妖を見ることができたため人間から疎まれたレイコが、その寂しさから、妖たちを隷属させる証として名前を書かせたものであった――。

祖母レイコの遺品「友人帳」を手にした夏目は、用心棒である妖「ニャンコ先生」の力を借り、妖たちに名前を返していくことを決める。そんな夏目の前に、名前を返してほしいと現れた小さな妖「露神」。名前の返還に応じようと友人帳を手に取るが、名を示した頁は次の頁とくっついていた。名を破られれば身は避け、名を燃やされれば身は灰になる。くっついた頁の名を持つ妖を、ニャンコ先生・露神と共に、夏目は探し始める。

妖への名前の返還に応じる日々を送る夏目の元に、八ツ原に住む妖怪が、退治してほしい人間がいるとやって来る。その人間、害を与えず暮らしている妖たちを退治するのだという。同じ頃、夏目の存在を気にする人物が現れる。田沼というその同級生は、八ツ原に最近越して来たらしい。自分と同じように妖を見ることができる人がいるかもしれない、自分の見える世界をわかってくれる初めての仲間かもしれない、と夏目の心は逸る。

旧校舎での肝試しに参加することになった夏目。この地には、人間好きの招福の神様が欲深い人間に捕らわれ、忌まわしき妖になったという逸話があるという。不安を抱きながら肝試しがスタートすると、クラスメイト達が次々と姿を消してしまう。そんな中、行動を共にすることになった委員長の笹田は、この世の者でないものを見ているのではと夏目を問い質し、協力してほしいことがあると告げる。

レイコの遺品の中から電車の切符を見つけた夏目。その切符に書かれた駅にやって来ると、そこにはレイコを待ち続けているという毛むくじゃらの妖がいた。夏目は、レイコとここで会う約束をしているというその妖に名前を返し、流れ込んで来た思念から、レイコがその妖「さんと」を助けてあげようとしていたことを知る。レイコのやり残したことをやるため、「さんと」と共に約束の場所「霧が沼」へと歩き出す。

釣りをしようとダム湖にやって来た夏目たちの前には、水没した廃村が姿を現していた。そこで何者かに取り憑かれ、意識を失う夏目…。夏目にとり憑いたその妖怪は、村が再び水底に沈む前に、遠くから一目だけでも会いたい人間がいるという。夏目の協力もあって、ついに探し人に会うことが叶うのだが…。